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我使用 RStudio 创建了宏基因组数据的条形图

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

但是我在酒吧内得到了线条。我需要没有任何线条的清晰栏。怎么做？

点击下面的情节链接

图书馆（“phyloseq”）；packageVersion("phyloseq")

图书馆（“生物格式”）；packageVersion("biomformat")

图书馆（“ggplot2”）；包版本（“ggplot2”）

图书馆（“phyloseq”）；packageVersion("phyloseq")

图书馆（“生物格式”）；packageVersion("biomformat")

图书馆（“ggplot2”）；包版本（“ggplot2”）

biom1 = biomformat::read_biom(biom_file = "otu_table.json.biom")

mp0 = import_biom（biom1，parseFunction = parse_taxonomy_greengenes）

tax_table(mp0) <- tax_table(mp0)[, 1:7]

treeFile1 = "rep_set.tre"

tree1 = read_tree(treeFile1)

树1

类（树1）

mp2 = merge_phyloseq(mp1, tree1) mp2 repseqFile = "seqs_rep_set.fasta"

bs1 = Biostrings::readDNAStringSet(repseqFile) names(bs1) <- gsub("\s.​​+$", "", names(bs1))

总和（名称（bs1）％in％分类名称（mp2））mp3 = merge_phyloseq（mp2，bs1）

plot_bar（mp3，“样本类型”，填充=“家庭”，标题=标题）

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plot_bar从用于绘图的phyloseq包中。您可以通过在控制台中键入ggplot来查看代码，这会产生：plot_barplot_bar

function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
          facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

如您所见，该函数包含以下语句：

geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")

color="black"争论是导致黑线的原因。这是一个非常基本的条形图，您可以根据以下代码创建自己的函数：

library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

请注意，唯一的变化是我删除了color="black". 您现在可以运行my_plot_bar而不是plot_bar获得没有黑线的条形图。

my_plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)
于 2018-01-18T07:07:11.877 回答