问题标签 [biom]

是否可以直接在对象中查找轴的长度biom.Table，或者您是否需要执行以下操作，对象在t哪里Table：

似乎更好的方法是使用类似t.length(axis). 存在这样的功能吗？

是否仍然可以将 .biom 表从 QIIME 转换为 QIIME 的“经典”OTU 表格式以与 Explicet 一起使用？我试过从 biom-format.org 运行命令

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

但返回一个错误：

biom 转换：错误：没有这样的选项：--to-tsv

有任何想法吗？

我无法使用 pip install biom-format 安装 biom 格式。这是我得到的错误。

============ 另一件事，我尝试更新numpy，这似乎有效..但仍然向我显示早期版本。这就是我所做的。

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========== PATH 可能有什么问题？？

请帮我解决这个问题。谢谢，米特拉

我正在biom为 FreeBSD 打包（2.1.5）。

根据文档，我最初依赖于pynumpyand h5py，但挖掘我认为它还应该依赖于：

biom现在我正处于运行给出以下错误的地步。你有调试的建议吗？我不是python开发人员，所以请温柔。

我无法在我的 macbook pro 上使用 pip install biom-format 安装 biom 格式。这是我得到的错误

请帮助我消除错误。

我使用R 包 biomformat 版本 1.2.0的函数make_biom和函数创建了一个 BIOM 文件 yyy.biom 。write_biom

yyy.biom 看起来像：

BIOM 验证返回错误：

我尝试导入 QIIME 2 并收到此错误：

QIIME 2 支持建议格式 1.0.0-dev 可能导致问题。会是这样吗？如果是这样有没有办法改变格式？

谢谢！

我正在尝试运行R 包 Tax4Fun来预测 16S 数据的功能。由于元条形码管道（VSEARCH、CUTADAPT 和 SWARM），我获得了一个 OTU 表。我的 OTU 表如下所示：

Tax4Fun 支持 QIIME 的不同输出格式。要导入我的数据并使用它，我必须将这个 OTU 表转换为由 QIIME (.qotu) 生成的表。我的输出如下所示：

之后，我将我的 QIIME OTU 表转换为 biom 文件并添加元数据，如下所示：

我有这个 biom 文件：

biom 文件随后与 Tax4Fun 一起使用，但我收到以下错误消息：

我尝试了另一种方法：我将 OTU 表转换为由 QIIME 生成的 txt 格式并使用 Tax4Fun 使用数据，但我再次收到错误：

txt 文件如下所示：

我搜索了谷歌，似乎问题在于分类列的格式。但是，当我检查这个时，它看起来不错：

欢迎所有建议！

我有一个包含许多文件的文件夹txt，我想应用for do do循环将它们从文件转换txt为biom文件，以下是我所做的：

但我得到了一个组合的 biom 文件。

如何修改上面的代码，将多个 txt 文件更改为 biom 文件，而不更改原始文件名？

喜欢：test.txt到test.biom

我想在 R 中导入我从 ftp 服务器下载的 .biom 文件 - Earth Microbiome Project (release 1)。

该文件来自以下链接： ftp: //ftp.microbio.me/emp/release1/otu_tables/closed_ref_silva/ 我尝试了其中几个文件，但我想在 R（工作室）中导入的是第一个： 'emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom' (293MB)

我尝试了几件事：

1. 我尝试使用 phyloseq::import_biome 和 bioformat::read_biom 函数打开它：

我收到以下错误消息：

2. 然后，我使用“fs”包的 is_file 函数检查了文件路径和名称。

3. 然后我检查了我要导入的 .biom 文件，用记事本打开这个 .biom 文件显示奇怪的字符（对不起，我不熟悉开发），例如：

   ƒOB§ß;}]0v(ÿQ<ãï8 #OÅ+q8‚´'Ž;º‹ë®Ü-¯§-‡ùP

我查看了我拥有的其他 biom 文件，但没有一个看起来像这样。我尝试使用相同的功能打开这些其他文件并且它可以工作。

我试图从其他存储库（https://zenodo.org/record/890000）获取此文件，但有类似的问题。

问题很可能来自文件格式，但我不知道如何处理。

我尝试qiimer在 Win10 下从 CRAN 安装 R (3.6.2) 软件包，但失败了。然后我尝试从'qiimer_0.9.4.tar.gz'本地安装它，但也失败了。

我不明白为什么 CRAN 不再负担这个包了。我想知道如何在我的电脑上安装它？因为我需要另一个包Tax4Fun。

以下是我尝试过的命令，

(1) 从 CRAN 安装。

将包安装到“C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6”（因为“lib”未指定） install.packages 中的警告：包“qiimer”不可用（对于 R 版本 3.6.2）

(2) 本地安装。

将包安装到“C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6”（因为“lib”未指定）

错误：依赖项 'pheatmap' 不适用于包 'qiimer' 删除 install.packages 中的 'C:/Users/User/Documents/R/win-library/3.6/qiimer' 警告：安装包 'C:/Users/ User/Downloads/qiimer_0.9.4.tar.gz' 有非零退出状态

非常感谢！

张