qiime - 将 biom 转换为经典格式？

Question

是否仍然可以将 .biom 表从 QIIME 转换为 QIIME 的“经典”OTU 表格式以与 Explicet 一起使用？我试过从 biom-format.org 运行命令

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

但返回一个错误：

biom 转换：错误：没有这样的选项：--to-tsv

有任何想法吗？

Answer 1

我也在使用 QIIME 并阅读了Wernerlab的教程。在这里，我已经成功地将 .biom 表转换为文本文件，也使用biom convert命令。也许您可以在命令行中找到说明：

biom convert -i otu_table.biom -o otu_table_tabseparated.txt -b --header-key="taxonomy" --output-metadata-id="Consensus Lineage"

干杯，丹尼斯