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我正在尝试使用 pheatmap 功能制作热图。我的问题总是高低之间的所有值都显示为相同的颜色。有什么方法可以显示更多动态热图图片吗？

我想更改使用 R 包创建的热图的列顺序pheatmap，但保持相同的拓扑结构，以便顶部的树状图也随列重新排序。

虽然在文档中进行了解释，但我无法弄清楚如何在 R 中实现它。

我试图生成昼夜节律基因表达数据的热图，并在其上方显示测量的行为。

我希望它看起来像这样：

注意 2 个红点应在 CT13 和 CT37 上方（分别）...

这是我尝试使用的代码，但它会生成 2 个单独的图表：

我使用的文件可以在这里找到： https ://www.dropbox.com/sh/n3mplr0fdz7oh6f/AACU_CdVjT6OmJLzrKmAtxj2a?dl=0

感谢您的帮助！

我想更改热图多个注释的颜色。示例代码：

预期结果是类别中的白色和类别中的None黑色。Exp1Exp2

我有以下数据框：

并使用以下热图代码：

我可以得到这个情节。

正如图中所述，如何将热图中的每个点对应的值转换为右侧色标。

例如，cow motif_b具有 value -9.184523，但右侧色标给出的值介于 0 到 -0.5 之间。我怎样才能得到这些值？

最终结果是一个数据框，其值已转换。我怎样才能做到这一点？

有没有一种简单的方法可以在根处合并多个 hclust 对象（或树状图）？

我已经使示例尽可能完整以说明我的问题。

假设我想按地区对 USArrests 进行聚类，然后将所有 hclust 对象联合起来，在热图中将它们绘制在一起。

现在我有 4 个 hclust 对象（h1 到 h4）。我通常像这样合并它们：

然后，要绘制它们，我必须根据 hclust 对象重新排序矩阵，然后绘制（我添加了一些注释以使绘图更清晰）：

总而言之：有没有比合并所有单独的 hclust 更简单的方法？

我正在尝试制作一个显示 4 个不同组的基因表达的热图，我想在每个组内进行聚类。我有跨列按组排序的样本。在所有组中使用cluster_cols = True集群，混合每个组的样本顺序。如何使用 pheatmap 仅在每个组内进行聚类？

我使用存储在单细胞实验分析中的单细胞 RNA-seq 数据，使用 R 中的 pheatmap 对约 11.3000 个表达基因（非聚类样本）进行层次聚类，以显示数据的异质性。我需要输出图像为 2 x 4 英寸，这使得树状图变得模糊。是否可以减少用于树状图的线宽？我尝试通过gpar设置线宽，但似乎没有改变

sessionInfo() R 版本 3.4.1 (2017-06-30) 平台：i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) 运行条件：Windows >= 8 x64 (build 9200) pheatmap_1.0.8

R代码

我正在尝试使用 package.json 生成热图cellrangerRkit。这个包中的pheatmap函数是指pheatmap库中的函数，如下所示：

我的问题是，当我绘制热图时，由于字体较大，绘图右侧的注释重叠（见下文）

包装函数gbm_heatmap没有fontsize选项，使我无法在调用它时简单地传递参数。如何更改此包装器中的绘图行为？

感谢所有输入，谢谢！

我是一名生物专业的学生，​​使用 R 生成一些可视化，显示哪些人类蛋白质（uniprots）被不同的细菌菌株靶向。

我正在尝试生成一个共现矩阵/热图......类似于

...其中列有菌株，行有蛋白质，数据框单元格填充了蛋白质与菌株相互作用的次数。因此，如果应变 A、B 和 C 都与一个 uniprot 相互作用，那么它们在该 uniprot 行的单元格中的值都应该为 3。

我已经尝试制作唯一应变和human_uniprots的元组列表，然后从我要填充的矩阵中搜索与应变和人类uniprot对匹配的元组，如果匹配则添加“1”......但是我不确定如何在 R 中使用元组。然后我看到了这个：Populating a co-occurrence matrix

这就是我想要的，但我不了解用法或语法...... sparse() 甚至是 R 中的函数吗？

此外……最好按照与所有菌株相互作用的蛋白质对所有蛋白质进行排名。因此，与所有菌株相互作用的所有蛋白质都应位于顶部，然后是与 2 个菌株相互作用的蛋白质，然后是 1 个菌株……