pheatmap - 更改 R 中 pheatmap 中树状图的线宽

Question

我使用存储在单细胞实验分析中的单细胞 RNA-seq 数据，使用 R 中的 pheatmap 对约 11.3000 个表达基因（非聚类样本）进行层次聚类，以显示数据的异质性。我需要输出图像为 2 x 4 英寸，这使得树状图变得模糊。是否可以减少用于树状图的线宽？我尝试通过gpar设置线宽，但似乎没有改变

sessionInfo() R 版本 3.4.1 (2017-06-30) 平台：i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) 运行条件：Windows >= 8 x64 (build 9200) pheatmap_1.0.8

R代码

gpar(lwd = 0.5)

pheatmap(assay(sce.tpm),  cellwidth = 10, cellheight= 0.009, fontsize = 5, 
fontsize_row = 6, fontsize_col = 6, 
scale = "row", cluster_cols = F, cluster_rows = T, 
clustering_distance_rows = "euclidean", clustering_method = "average"
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(256), 
show_colnames = T, show_rownames = F)

Answer 1

您可以直接操作 pheatmap 调用返回的 gtable 对象。每个 grob 都有一个作为对象的gp参数。gpar

library(pheatmap)
library(grid)

set.seed(42)
ph <- pheatmap(matrix(runif(100), nrow = 10), silent = TRUE)

ph$gtable$grobs[[1]]$gp <- gpar(lwd = 5)
ph$gtable$grobs[[2]]$gp <- gpar(col = 'blue')

png('pheatmap_gpar.png', height = 400, width = 400)
grid.newpage()
grid.draw(ph$gtable)
dev.off()

它生成以下集群热图：