问题标签 [pheatmap]

package 生成的热图的 x 轴标签pheatmap默认旋转 270 度。我需要让它们旋转 90 度。

我跟踪了这pheatmap()​​个函数，发现有一个内部（不可见）函数会产生标签：

我只是使用以下命令更改了上述函数中的rot = 270byrot = 90和hjust = 0by ，并且它起作用了：hjust = 1

但问题是fixInNamespace()永久修改了包中的函数定义。我宁愿不改变原来的函数定义，而是临时用draw_colnames()我自己的函数定义替换函数定义，以备不时之需。

有什么解决办法吗？

我正在尝试在同一个热图中加入不同类型的数据。但是我需要为每个子数据使用不同的颜色集。这是一个例子：

结果应具有红色/蓝色的前 3 列（来自 data1），从第 4 列到最后的列应为黑色/白色。如果有帮助，我可以将数据矩阵转换为颜色矩阵。我尝试了 heatmap()，但似乎只使用一组颜色。在示例中，data1 中的 1 应绘制为红色，但 data2 中的 1 应绘制为白色。谢谢！

一个简单的问题，虽然我不知道如何解决它。我有一个数据框，我已经使用热图通过pheatmap. 此数据框中的值范围为 0.098 到 2.94。我的数据的 lof 为1s。我想将 1 设置为白色，其余值应为灰度，最大值为黑色。我的代码得到了类似的结果，但期望的结果是包含从 0.098 到 1 的值的灰度应该按递增顺序排列，我的意思是，从浅灰色到深灰色。我不知道这是否可能。

非常感谢

我的代码：

这是dput我的数据框

我想在 pheatmap 中创建一个离散的图例（不连续）。所以对于这段代码，

图例如下所示：

但我希望它看起来像这样，每个矩形的大小都相同：

你能指出我在 pheatmap 中的选项，这将使这成为可能吗？我想不明白。非常感谢，

我试图玩弄pheatmap并在一开始就陷入困境。

创建一个玩具示例：

抛出此错误消息：

它产生的情节似乎并不正确：

例如，我不明白为什么右上角的单元格是白色的。我还认为设置 cellwidth = 10和cellheight = 10意味着获得方形单元格而不是矩形。最后，如果有人知道是否有可能让行名和列名出现在热图与树状图的同一侧（即，在树状图的尖端），那就太好了。

Pheatmap only creates a square plot when legend=FALSE. I have tried using par() to allow more oma() and mar() space without luck. The legend is also really big and i cannot find any documentation on reducing this or changing its position. The first plot doesn't have a dendrogram fitted but this is irrelevant to the sizing issue. The same happens regardless of the clustering. I would appreciate any comments

我已经使用函数 pheatmap 创建了 36 个热图，我只想在一个图中显示它们。我曾尝试使用函数 par()，但它不起作用，我不知道为什么。有人可以告诉我该怎么做吗？非常感谢。这是我的代码：

这是一个数据集

我有 36 个这样的 txt 文件，但我不能把它们都放在这里 “ScaBER 5637”是这个数据集的列名

使用 R 包 pheatmap 绘制热图。有没有办法为输入矩阵中的 NA 分配颜色？似乎 NA 默认情况下被着色为白色。例如：

谢谢

我在 R 中创建了一个大小为 n*k 的热图，是否可以提取用于第 i 个元素的单个颜色？

例如，n=3（列）和 k=50（行），n 是任意严重级别，k 代表英国的一个地区。

我有这些地区的多边形，我想根据严重性创建 3 个单独的地图，使用整体热图中的相同颜色作为多边形的填充以保持一致性。

谢谢，艾伦

我正在使用带有大数据的 pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据表并执行热图如下：

通过这个，我得到了我的数据的热图。我的 example.txt 看起来像这样：

可能这是一个非常愚蠢的问题，但无论如何我会发布它。运行 pheatmap(data) 后，如何获取集群对应的元素？我是否必须以某些特定方式保存结果并通过其他 R 包进行分析？