r - R - 提取（p）热图颜色以用于多边形填充

Question

我在 R 中创建了一个大小为 n*k 的热图，是否可以提取用于第 i 个元素的单个颜色？

例如，n=3（列）和 k=50（行），n 是任意严重级别，k 代表英国的一个地区。

我有这些地区的多边形，我想根据严重性创建 3 个单独的地图，使用整体热图中的相同颜色作为多边形的填充以保持一致性。

谢谢，艾伦

Answer 1

要了解它是如何工作的，我必须查看pheatmap. 我们先生成一个矩阵：

A <- matrix(1:10, 2, 5)

默认调色板定义为

pal <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后的想法是定义中断值并为中断定义的每个间隔分配颜色：

bks <- pheatmap:::generate_breaks(A, length(pal), center = F)
A2 <- pheatmap:::scale_colours(A, col=pal, breaks=bks)

矩阵A2包含与 的每个单元格关联的颜色A：

A2
#          [,1]      [,2]      [,3]      [,4]      [,5]     
# [1,] "#4575B4" "#ABD0E4" "#F4FBD2" "#FEDF8F" "#EF6D48"
# [2,] "#77A6CE" "#E0F3F7" "#FEF4AF" "#FCA86B" "#D73027"

最后，我们可以用第一个A定义的颜色表示，也可以用表示：A2pheatmapimage

pheatmap(t(A[,5:1]),cluster_rows = F, cluster_cols = F)

image(A, col=A2)

参考：Kolde, R. (2013)。pheatmap：漂亮的热图。