问题标签 [pheatmap]

我正在使用 pheatmap 包。默认情况下，它将绘图绘制到屏幕上。就我而言，这意味着在 R studio 的 R markdown notebook 中输出。但我也想保存到文件中。如果我将它保存到文件中，并为其提供filename=参数，它不会绘制到屏幕上（R 笔记本）。有没有办法让这两件事都发生？更一般地说，对于我想要保存和显示在屏幕上的任何情节（ggplot2）？

我使用 pheatmap 制作了矩阵，需要能够将其重新分类为 8 个分类。任何帮助将不胜感激，我已将代码放在下面。

我使用的包如下：RColorBrewer,rgdal,ggplot2,pheatmap 和 raster。我是编程新手，所以请不要太苛刻。

谢谢您的帮助。

我陷入了层次聚类的问题。我想使用相关距离方法（d_mydata=dist(1-cor(t(mydata))）和 ward.D2 作为聚类方法来制作树状图和热图。

作为包 pheatmap 中的一个小工具，您可以在左侧绘制树状图以可视化集群。

我的分析流程是这样的：

1. 创建树状图
2. 测试有多少簇是最优的（k）
3. 提取每个集群中的主题
4. 创建热图

当热图中绘制的树状图与之前绘制的树状图不同时，即使方法相同，我也会感到惊讶。

所以我决定用之前由 cutree 分类的集群创建一个 pheatmap 着色，并测试颜色是否对应于树状图中的集群。

这是我的代码：

有同样问题的人吗？我犯了一个愚蠢的错误吗？

先感谢您

我是 R 新手，开始使用 pheatmap 来可视化处理细胞与对照细胞中基因表达的 log2 倍变化。默认情况下，pheatmap 设置颜色键的上限为 6，下限为 -2。有没有办法分配颜色，将所有高于 4 的值分配给红色的最大强度，将低于 -1 的值分配给蓝色的最大强度，并将介于两者之间的值分配给不同强度的颜色？

这是我一直在使用的代码：

我想用作颜色：

我有跨 20 列的 90 个观察值（行）的数据集。我已经生成了一个非常简洁的热图，它使用包 pheatmap 将我的数据分为两组。虽然它并不完全干净，但根据我的条件，这两个树状图簇几乎将我的样本分为 2 个不同的组。现在我想将这组 90 减少到更严格的 20-30 观察组左右，但仍希望保留与中所示相同的聚类顺序pheatmap。有没有办法做到这一点？或任何其他将我的观察结果减少到最小集的软件包，该集仍可以通过聚类顺序保留，如现在所见？的代码pheatmap是

R 中我遗漏的任何包都可以处理此类甚至某些内容，pheatmap我可以将其用作减少变量的函数并进行一种置换测试以找到仍然可以保留我的聚类的最小观察集

数据是患者的行中的基因和列中的表达。

在我之前的一篇文章中，我在 pheatmap 包的迭代过程中进行了 kmeans_k 聚类，以将我的行（基因）从 90 减少到更严格的子集。自从我尝试使用factoextra, cluster,包在行上测试最佳集群时我就这样做了NbClust其中kmeans集群的最佳数量非常低。因此，我对具有 90 行和 15 列的数据进行了迭代 kmeans_k，并保持行和列聚类打开，列相关，行默认。这让我觉得这些集群已经排名了。集群在 pheatmap 中排名是真的吗？或者具有来自 pheatmap 的 cluster1 的那个应该是顶级集群。我根据我的输出选择顶级集群，因为我的数据包含上下基因，SD 最高的基因是排名最高的。我在做什么正确吗？现在我正在分离我的 up 和 down 基因列表并计算最佳 kmeans，我发现了更好的集群。现在，如果我用 pheatmap 绘制它们，我将如何选择哪个应该是顶级集群？因为我现在正在根据方向性用 kemans 绘制 2 个单独的热图。现在从这些到具有最佳集群的热图，我将如何选择哪个是顶级集群？我应该为每个集群计算 SD 吗？上一篇关联

基于方向分离的代码

现在创建将计算最佳集群的数据框 需要从中导入值的源数据框是

由于有 2 个单独的热图，我应该如何从该热图中选择顶部集群。在这里使用 kmeans_k 对行和列进行聚类并使用 pheatmap 制作热图是否正确？如果是这样，我将如何检测最佳集群？通过计算集群的 SD 并查看哪个集群的 SD 最高并选择它？如果有人有任何想法。如果需要数据和数字，我可以在 Dropbox 链接中上传。至少做 pheatmap 的数据。到目前为止，在分离基因方向和 maknig kmeans 时，我在概念上被打破了。欣赏一些专家的建议。

我正在探索 R 来分析我的基因表达数据。

pheatmap我可以使用这个包创建一个漂亮的热图。但是，在不同颜色的框之间转换时，它会自动引入我在放大后可以看到的边框颜色。尽管添加了属性border_color = "NA". 是否有可能获得不断变化的热图？谢谢。

我的代码：

正如您在下面看到的（缩放后），相邻的框被较浅的颜色分隔。

我想在 R 中使用 pheatmap 制作一个热图，颜色为绿色、黑色和红色，并使用图例中从 -2 到 2 的范围，这是我使用的代码：

问题是我希望绿色小于-2的值和红色大于2的值，而我的解决方案这些值是白色的，你能帮我吗？

在 R 中，有一个使用树状图生成热图的函数，称为pheatmap::pheatmap. minkowski是pheatmap绘制树状图的距离测量选项之一。但是，如何p在函数中设置（闵可夫斯基距离的幂）pheatmap？

谢谢。

我正在使用 pheatmap （文档）绘制热图。我正在以一种相当简单的方式绘制一个矩阵：

我的情节的底部被切断了，所以我看不到底部的列名。它看起来像这样： 我尝试使用 par() 和 oma() 以及 cexRow=... 来增加边距

我需要这样做，以便在不减小绘图大小的情况下看到这些长列名。我只想拉伸底部的边距。有谁知道如何做到这一点？

提前致谢。