我正在探索 R 来分析我的基因表达数据。
pheatmap我可以使用这个包创建一个漂亮的热图。但是，在不同颜色的框之间转换时，它会自动引入我在放大后可以看到的边框颜色。尽管添加了属性border_color = "NA". 是否有可能获得不断变化的热图？谢谢。
我的代码：
pheatmapM <-pheatmap(datExprM, border_color = "NA", breaks = NULL, color = colorRampPalette(c("navy", "black", "yellow"))(50), cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row")
正如您在下面看到的（缩放后），相邻的框被较浅的颜色分隔。
您可以为每个单元格单独编辑边框颜色，这可用于解决此问题。确切的解决方案将取决于您的pheatmap对象的确切组成。
首先，获取存储在热图中的 grobs（图形对象）的名称。您将需要获取与热图的各个矩形（单元格）相对应的那个。对我来说，这是第一堂课gTree，但试着看看哪一个适合你。这就是我提取 grob 名称的方式：
grob_classes <- purrr::map(pheatmapM$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
接下来，我们需要找到一个矩形 grob，它是gTree我们刚刚找到的 grob 的子对象，如下所示：
grob_names <- names(pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]
现在，从这个嵌套的 grob 中，您可以提取图形参数：（fill确定每个单元格的实际填充颜色）和col（确定边框颜色）。默认情况下，col是单个值，而是fill十六进制代码矩阵。当我用col存储的内容替换时fill，像这样......
pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
...这相当于消除边框，因为它现在与填充颜色相同。为了确保单元格之间没有间隙，还要增加边框厚度。
pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3
据我估计，识别正确的idx_grob或idx_rect特定的pheatmap. 出于这个原因，我提供了一个可重现的示例（在 macOS 上运行R 4.0.3并pheatmap 1.0.12运行），它实现了您可以用来开始的所需结果（没有边界以及单元格之间没有间隙）：
set.seed(1)
## Generate sample data
x <- table(round(rnorm(500, 100, 2)), round(rnorm(500, 100, 2)))
ph <- pheatmap::pheatmap(x, cluster_cols = FALSE, cluster_rows = FALSE)
## Extract the right grob
grob_classes <- purrr::map(ph$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
grob_names <- names(ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]
## Remove borders around cells
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3
## Plot result
graphics::plot.new()
print(ph)
结果应如下所示：
