问题标签 [pheatmap]

错误是：

我有一个这样的数据框：

我想使用 pheatmap 制作一个热图，如果有任何东西低于-4，它应该是绿色的，任何超过 +4 的东西都应该是红色的，介于两者之间的所有东西都应该是红色/绿色阴影。我也不想扩展我的数据并且没有聚类。到目前为止，我在 R 中有这段代码：

我怎样才能用我上面提到的配色方案来绘制它。

谢谢

我对 pheatmap 中的行缩放有点困惑。这是我的数据框

在 pheatmap 生成具有行 z 分数的图形后，我需要提取数据帧的这些值

我怎样才能得到一个 pheatmap 用来制作热图的新矩阵？

绘制前缩放时的热图：

pheatmap从 [-2, 6] 开始的比例与在函数内使用比例完全不同

其中比例从 [-6,6] 设置。
为什么会有这种差异，我如何获得第二个图中表示的矩阵？

我正在尝试遍历一堆文件，并为每个文件制作一个带有 pheatmap 功能的 pdf 文件。我写了这样的东西：

在这一pdf(file = "eval(a).pdf",height=25,width = 10)行，我想评估变量a的值，以便我可以为生成的每个 pdf 获得不同的名称。我怎样才能做到这一点？

谢谢

我有这个数据

然后我pheatmap用这个代码创建了一个热图

但我想在我的热图中添加更多信息。我正在尝试在每一行附近添加一个图例，该图例显示每个“元素”的“长度”列。你能建议我怎么做吗？

我正在绘制一组 15 个样本，这些样本聚集在 A、B、C 三个组中，热图对它们进行排序，例如 C、A、B。（我读过这是因为它在右侧绘制了最强的集群相似）。我想订购集群，以便集群的叶子被视为 A、B、C （因此重新组织集群分支的顺序。有没有可以帮助我做到这一点的功能？

我使用的代码：

（cluster_cols=FALSE 根本不会对样本进行聚类，但这不是我想要的）

我也在另一个论坛上找到了这个，但我不确定如何更改功能代码以及它是否对我有用：

clustering_callback 回调函数来修改集群。使用两个参数调用：原始 hclust 对象和用于聚类的矩阵。必须返回一个 hclust 对象。

pheatmap我正在尝试在 in生成的热图中的所需坐标处插入垂直和水平线R。

我想在 处插入 3 条水平线，在 处插入 3 条y = c(50,100,150)垂直线x = c(50,100,150)。以这种方式使用“grid.lines”（？）没有帮助。

我正在研究微阵列数据并表示数据，我们选择使用热图。我也用过pheatmap。

使用代码

我获得了

正如您在图像的右上角看到的那样，是比例尺，它在 -2.5 的值周围显示了一个白色间隙

请向我更新代码中的任何错误，因为我根据可用代码设置了调色板。

编辑：样本数据（存储为矩阵，命名列表）

PS在样本中，我将前三个基因的数据重复了三次，但问题可以理解。如上所示，热图的模式将无法重现，但白色间隙仍然存在。

谢谢你。

我有一个包含 3000 行和 53 列的基因和组织的大型数据集。当我尝试pheatmap在 R 中为少量列创建热图时，它是成功的。但是当我尝试将annotation_col带有颜色条的和行添加到热图中时，我得到了错误。

“annotation_colors [[colnames(annotation)[i]]] 中的错误：下标越界”

任何帮助将不胜感激。

这是top数据框：