我正在研究微阵列数据并表示数据,我们选择使用热图。我也用过pheatmap
。
使用代码
my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 9999)
pheatmap(dts, color = my_palette, cluster_rows=T, cluster_cols=F,
show_rownames=F, main="All Conditions", border_color=NA,
labels_col=c("SKF","ABeta","CSP","TTK21"))
正如您在图像的右上角看到的那样,是比例尺,它在 -2.5 的值周围显示了一个白色间隙
请向我更新代码中的任何错误,因为我根据可用代码设置了调色板。
编辑:样本数据(存储为矩阵,命名列表)
dts <- read.table(text="
Gene SKF ABeta CSP TTK21
A 0.05466 -0.0154254 0.011404 0.96582
B 1.05325 0.015212 0.22360 10.00140254
C 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355
D 0.05466 -0.0154254 0.011404 0.96582
E 1.05325 0.015212 0.22360 10.00140254
F 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355
G 0.05466 -0.0154254 0.011404 0.96582
H 1.05325 0.015212 0.22360 10.00140254
I 2.002102 20.200052 1.214325 1.25355
", header=T)
PS在样本中,我将前三个基因的数据重复了三次,但问题可以理解。如上所示,热图的模式将无法重现,但白色间隙仍然存在。
谢谢你。