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library(pheatmap)

another<-read.table("~/Desktop/tcga3dcategorized.csv",sep=',',header=FALSE)
test<-another[1:3]
labels<-another[4]
colnames(test)=c("Dim 1","Dim 2","Dim 3")

annotation_row=data.frame(CancerType=factor(labels))
ann_colors=list(CancerType=c(KIRC="red", UCEC="#B2509E",LUSC="#D49DC7",
    LGG="#C1A72F",PCPG="#E8C51D",HNSC="#F9ED32",CESC="#104A7F",ESCA="#9EDDF9",
    BRCA="#007EB5",THCA="#CACCDB",PRAD="#6E7BA2",MESO="#DAF1FC",PAAD="#00AEEF",
    LUAD="#F6B667",LAML="#D97D25",UVM="#FBE3C7",GBM="#F89420",READ="#97D1A9",
    SKCM="#009444",KIRP="#754C29",COAD="#CEAC8F",LIHC="#3953A4",SARC="#BBD642",
    OV="#00A99D",BLCA="#D3C3E0",STAD="#A084BD",TGCT="#542C88",ACC="#FAD2D9",
    THYM="#ED1C24",KICH="#F8AFB3",DLBC="#EA7075",UCS="#7E1918",CHOL="#BE1E2D"))

pheatmap(test,annotation_row=annotation_row,annotation_colors=ann_colors,main="title")
```

错误是：

Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] : 
  subscript out of bounds
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2 回答 2

5

您应该强制您的数据框具有行名。

# after read.table
rownames(another) <- paste0("row_", seq(nrow(another)))

看看pheatmap 中的一些奇怪的东西（一个错误？）

于 2019-07-08T15:20:28.270 回答
2

检查您的数据结构 - 它们不正确。你的结构another，由它产生read.table并且test是它的一个子集dataframes。而且您正试图将它们提供给pheatmap使用的功能matrix- 这与dataframe. 您可以像这样将对象转换为矩阵：

test_matrix <- data.matrix(test, rownames.force=NA) # change the rownames.force -argument if you want rownames

然后你可以把它喂给pheatmap. 如果它不起作用，您可以检查被送入的对象的尺寸pheatmap。

于 2019-03-30T19:03:23.327 回答