我正在使用pheatmap（文档）绘制热图。我正在以一种相当简单的方式绘制一个矩阵：

我的情节的底部被切断了，所以我看不到底部的列名。它看起来像这样：

请注意，这不是 heatmap.2。

我已经尝试了这个问题和这个问题的解决方案，以及我能够通过谷歌和这个函数的文档找到的其他东西。

我尝试使用 par() 和 oma() 以及 cexRow 来增加边距。

对剧情没有影响。

我需要这样做，以便在不减小绘图大小的情况下看到这些长列名。我只想拉伸底部的边距。

我有以下功能

使用以下代码：

它产生这个情节：

我的问题不是使用 K-means，而是使用我自己的自定义函数：

如何将其包含在 pheatmap 中？

我有以下代码用于使用“pheatmap”包生成热图。我成功地创建了热图，但很难注释列。我有 9 种细胞类型，每种细胞类型都有 3 个重复。

这是数据。我已将样本标记为 01_01,01_02,01_03 到 09_01、09_02,09_03。

我想将列注释为“A”、“B”、“C”、“D”、“E”、“F”、“G”、“H”、“I”。具有聚类行和列的 pheatmap

我尽力注释簇列，但没有成功。如果有人可以解释如何自定义列注释，我真的很感激。

数据： 我的数据文件

读取文件

我试图在 pheatmap 中开发细胞因子注释并收到错误消息

seq.int(rx[1L], rx[2L], length.out = nb) 中的错误：'from' 必须是有限的

R 版本 3.3.3 pheatmap_1.0.8

可重现的例子：

我在 R 中做一个热图。我在 Exam$Design 中有几个注释，我想更改注释“条件”的颜色，因为从图中可以看出，它们看起来非常相似，但实际上并非如此（如在图例中看到，“条件”列中有 2 个变量）。

这是我正在使用的代码：

输出如下：

我正在使用：R 版本 3.3.2 (2016-10-31) 平台：x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 运行于：macOS Sierra 10.12.6

这是酵母_EM 数据的一个示例：

基因1 6.36905642 6.73133314 6.31220164 5.96876520 6.41847351

基因2 7.88187347 7.80500924 9.04985474 5.26179387 6.46439153

基因3 -0.93509624 1.08347695 4.03031906 3.34657410 -2.67209858

这就是 Exam$Design 数据框的样子：

sample1 wt exp A 生物学 1 BSc 上午工作日

样品 2 重量压力 A 生物 2 技术下午周末

sample3 mut exp A 生物学 3 BSc 下午工作日

sample4 mut stress A 生物学 4 BSc 下午工作日

谁能帮忙？

我正在尝试使用pheatmap包生成热图，但是，我不断遇到各种问题（我是 R 新手）。我正在使用的代码是：

我的数据都是数字，我已经删除了所有 NA 值，但我现在收到此错误。

col[as.numeric(cut(x, breaks = breaks, include.lowest = T))] 中的错误：'closure' 类型的对象不是子集

任何人都可以提出任何解决方案吗？

我正在 RMarkdown 中写我的第一份报告，并在特定的图形对齐方面苦苦挣扎。

我有一些数据正在处理为对包友好的格式pheatmap，以便生成热图 HTML 输出。产生其中之一的代码如下所示：

的数字列cleaned_mayo如下所示：

所有这些代码都包含在 RMarkdown 环境中的以下标头中：{r heatmaps, echo=FALSE, results="asis", message=FALSE}.

我想要实现的是两个热图并排，每个热图周围都有黑框（即也包含热图的标题和图例）。

如果有人能告诉我如何做到这一点，或者单独告诉我一个，将不胜感激。

谢谢！

我对 R 中的 pheatmap 函数有 1 个问题，如果有人能帮助我，我将不胜感激。

1) 在做 pheatmaps 时，我总是使用 break 函数来设置我的休息时间。但是，如果某个值超出了确定的中断，则它会自动以白色表示。有谁知道如何将我的休息时间中的值设置为与我的最大值或最小值相同的颜色？这是使用“ALL”库的代码示例：

pheatmap 结果的图像

因为样本 1005_at 的一些值高于我的最高断点 10，所以它们最终是白色的。我如何设置高于 10 的值与值 10 的颜色相同（反之，如果值低于 0，如何将它们设置为与值 0 相同的颜色）？

非常感谢！！！

我正在使用 pheatmap，但我不知道如何为指定热图左侧显示的注释的数据框设置断点。我知道使用中断函数可以确定正在绘制的数据的中断，但是如何对添加到绘图中的注释执行相同的操作？这里我放了代码示例：

pheatmap 结果图像

在这里，“基因”的休息时间是自动设置的，从 4 到 9。假设我希望它们从 0 到 5，然后到 5.01 到 10。有人知道该怎么做吗？

我需要使用函数“pheatmap”制作热图，使用 UPGMA 和 1-pearson 相关性作为距离度量。我的教授声称这是默认的距离度量，尽管在我的例子中它使用“欧几里得”作为距离度量。欧几里得和 1 - pearson 相关性是一样的还是他错了？如果他错了，我该如何为我的热图使用正确的距离度量？

我的意见

R输出