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我在 R 中做一个热图。我在 Exam$Design 中有几个注释,我想更改注释“条件”的颜色,因为从图中可以看出,它们看起来非常相似,但实际上并非如此(如在图例中看到,“条件”列中有 2 个变量)。

这是我正在使用的代码:

pheatmap::pheatmap(
    mat=yeast_EM, 
    kmeans_k=100, 
    annotation_col=Exam$Design, 
    scale = "row", 
    cellwidth = 15, 
    cellheight = 12, 
    fontsize = 8, 
    color = brewer.pal(name = "Spectral", n = 10), 
    filename = "heat_map.png")

输出如下:

热图

我正在使用:R 版本 3.3.2 (2016-10-31) 平台:x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 运行于:macOS Sierra 10.12.6

这是酵母_EM 数据的一个示例:

   sample1      sample2   sample3     sample4     sample5

基因1 6.36905642 6.73133314 6.31220164 5.96876520 6.41847351

基因2 7.88187347 7.80500924 9.04985474 5.26179387 6.46439153

基因3 -0.93509624 1.08347695 4.03031906 3.34657410 -2.67209858

这就是 Exam$Design 数据框的样子:

  strain condition batch replicate  technician  time  week

sample1 wt exp A 生物学 1 BSc 上午工作日

样品 2 重量压力 A 生物 2 技术下午周末

sample3 mut exp A 生物学 3 BSc 下午工作日

sample4 mut stress A 生物学 4 BSc 下午工作日

谁能帮忙?

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