问题标签 [pheatmap]

我希望在 R 中创建类似于以下类型的不连续热图：

我的数据排列如下：

我希望k_e成为 x 轴，percent在 y 轴上并time表示颜色。

我能找到的所有链接都绘制了一个连续矩阵 http://www.r-bloggers.com/ggheat-a-ggplot2-style-heatmap-function/或插值。但我不希望上述任何一种，我想绘制不连续的热图，如上图所示。

所有现有的答案都不适合我！这些问题正在并排制作热图，
以在 R 中并排显示同一 pdf 中的两个热图或与 ggplot2或其他并排显示

我有两个 dfs，我想绘制 df1 的 10 个最高行（基于平均值）和 10 个最低行（基于平均值）如何强制 ggplot 在图中按我们想要的顺序排列 x 轴或 y 轴？ df1取自上一篇，df2如下。

从 df1，在上一篇文章中，我们绘制了高于 0.02 的热图（假设只有 10 个），从 df2，我想绘制低于 0.0 阈值的热图，但将两个图像放在一个图中

我绘制 df1 和 df2 的方法如下

对于可以从上面的链接获取的 df1 ，我可以执行以下操作

要绘制 df2 我做如下

我想要的是在一张图像中绘制两者的热图（一部分来自 df1，另一部分来自 df2）

我使用“pheatmap”包绘制热图，并与行和列聚集在一起。但是，由于某种原因，我需要获取热图中的行顺序和列顺序。有没有一种方便的方法来做到这一点？这是一个 pheatmap 的例子。

我正在尝试使用 R 中的 pheatmap 包创建具有基因表达值的热图。我已经多次使用该代码，直到今天才出现问题。似乎当我执行 scale="row" 时，我最终遇到了这个错误。我无法创建 z 分数。所以可能有些行没有发生这种情况的可变性。我怎样才能摆脱这个。该矩阵有 1100 行和 9 列。我的代码：

hclust(d, method = method) 中的错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf (arg 11)

我怎样才能摆脱这个错误？

我一直在尝试在由 R 中的 pheatmap 创建的热图中添加行注释。基本上我有一个 csv 文件，其中包含一个特定列（组），用于热图中的行注释。但是，我的以下代码有问题。另外两个问题是：标题的字体大小显然太大，但我找不到减小它的方法。而且我想将任何零的值设置为纯白色，但我不确定它在我的输出文件中是否真的是白色。输入 csv 文件和输出 pdf 文件是链接的。我在这里坚持使用 pheatmap，因为我发现它创建的热图比其他热图功能更适合我的需要。建议表示赞赏。

如何在此热图中将色标上的 0 点设置为白色？它使用breaks参数吗？

在下面的代码中，白色设置为 3（或在刻度附近）：

我想编辑我的行和列名，pheatmap或者最终删除并添加要编辑的新行和列名。在这种情况下， 我将设置show_colnames和。show_rownamesFALSE

谁能帮帮我谢谢。

我有 2 列的数据框；其中第一列将数据保存为 d/m/yh:m（一年），而第二列保存电表读数。例如：

我想为每一天每半小时绘制一次热图。我试过了pheatmap，heatmap.2但heatmap.3错误信息是x' must be a numeric matrix。我只是想知道我可以用这两列绘制一张地图，还是应该先将数据排列到一行，呈现一天的数据，例如：

请问有什么建议吗？谢谢！

I am facing a strange problem with google heatmap. Heatmap shows less datapoints on increasing number of coordinates in heatmap data. For 333 coordinates, heatmap shows datapoints like:

And for 9885 coordinates :

As you can see for 333 coordinates there are more datapoints than 9885 coordinates. But it should show more datapoints for large data. My code:

And data getting in marker_points

anyone please help me to show heatmap correct datapoints ?

比方说：

和定义颜色：

我正在生成一个没有使用 pheatmap 函数聚类的热图：

问题是，我如何定义颜色以获得相同的热图，但仅使用具有特定颜色值的像素（例如小于 0.1）。

我试图设置

但没有用。