问题标签 [pheatmap]

所以，我正在尝试用pheatmapR 中的函数创建一个漂亮的热图。

我想在树状图停止和图表开始的地方有彩色条，以便注释不同的集群。就像一条穿过列的水平粗线，当它传递到另一个集群时会改变颜色。我认为这很常见。但我无法弄清楚 pheatmap 中的“注释”。有任何想法吗？

我根据基因微阵列数据创建了一个热图，然后使用该热图对数据进行聚类并输出一个热图。

有没有办法将热图的聚类数据以矩阵形式输出到excel文件？

我想知道是否可以制作包含 200k 行的热图？我有一个以基因组坐标为行的矩阵，每列代表每个患者中该区域的存在或不存在。所以我有15个病人（列）。现在，当我尝试 heatmap.2 或 pheatmap 时，我遇到了内存分配问题，我将如何使用整个矩阵来生成热图。我的矩阵的值是 0 和 1，我想根据热图得出一些假设。我将如何使用它。我在我的笔记本电脑上尝试过一次，但没有帮助，所以我在我们的 linux 集群中进行了尝试，它非常强大。但仍然显示以下错误。我该如何解决这个问题。我还添加了sessionInfo(). 任何解决方法表示赞赏

Pheatmaplibrary(pheatmap)需要annotation_colors在每个热图列的顶部添加标题 ID 颜色。

我想添加白色作为带有边框的列标题颜色。可以添加边框，border_color但此功能也会为整个热图绘制边框。

以下是我到目前为止所做的。

I am trying to do multipanel plots one panel being a heatmap using layout to place plots. I've been drawing heatmaps with pheatmap which provides a very convenient color scheme among other things.

The code for pheatmap is available here.

When I try using pheatmap in this way it always plots on a new page. I imagine this is because of its use of the grid package? Is there a way I can do this with pheatmap?

Example code to produce a heatmap next to a barplot but which doesn't since the heatmap gets plotted on a new page below:

pheatmap我想从pheatmap包中放入自定义轴。我试过了xlab="Custom x label"，ylab="Custom y label"但没有用。我也想不出如何改变图例的位置。

最小工作示例：

是否有一种策略可以在一个条件下对一个组内的共享属性进行聚类，知道该条件应该激发两个组之间的差异？

一个具体的例子：假设 A 组有 4 个人，B 组也有 4 个人。A 组被引入 StackOverflow，而其他人则一无所有。为每个人检查了 30 000 个基因。我们预计 A 组个体与 B 组相比应该相对无压力。因此，我们寻找可能在 B 组中高表达但在 A 组中低表达的基因簇。识别这组基因很有用，因为这些基因可以解释对压力的生物反应。

但事实证明，这两组不是线性可分的——PCA 在 A 组和 B 组中显示出很大的差异。A 组中的一些个体与 B 组聚集在一起。B 组中有一些基因被上调，但是A组中的一两个人也承受这种上调。是否有一种策略可以找到属性由 A 组中的所有个体统一共享的集群，并且与 B 组中的所有个体不同，知道这两个组应该是不同的。

我想反转行的默认注释：

正如您在行注释中看到的那样，0 表示白色，数字越大表示绿色越深。我想看到更小的 p，更深的绿色（或灰色）。

此外，如果可能的话，大于 0.05 的 p 将仅呈现白色。

这对我来说真的很有挑战性。感谢您的任何帮助或评论

我想在图例中只看到两种颜色：0 代表蓝色，1 代表红色。

我正在使用 pheatmap 创建值的热图，并希望使用矩阵中 z 值的单位来标记图例。在此示例中，我希望图例的顶部显示温度 [°C]。我已经阅读了此处的 pheatmap 指南，似乎对图例的唯一操作是添加要显示的默认数字列表来代替比例尺。我看不到任何添加图例标题本身的选项。

这是使用 pheatmap 生成矩阵和绘图的通用代码块。对于如何为图例添加标题的任何建议，我将不胜感激。