r - 你能从 R 中的 pheatmap 中提取数据矩阵吗？

Question

我根据基因微阵列数据创建了一个热图，然后使用该热图对数据进行聚类并输出一个热图。

有没有办法将热图的聚类数据以矩阵形式输出到excel文件？

Answer 1

一种方法是直接重现数据聚类。pheatmap指定欧几里得距离和层次聚类的默认输入参数。

下面的代码重现了pheatmap将在测试矩阵上进行的聚类。的内容reordered是pheatmap.

# load clustering library
library(stats)

# example matrix from pheatmap documentation
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# cluster and re-order rows
rowclust = hclust(dist(test))
reordered = test[rowclust$order,]

# cluster and re-order columns
colclust = hclust(dist(t(test)))
reordered = reordered[, colclust$order]