问题标签 [pheatmap]

我有以下数据框：

如您所见，一些 DE_genes 属于同一个 mTAD。我想为所有 DE_genes 绘制它们的统计值并按 mTAD 对它们进行分组。我想把它作为一个水平条形图，在 y 轴上有基因，在 x 轴上有统计值并按 TAD 分组，但首先我不知道该怎么做，其次我认为热图可能更好选项。有没有办法在 R 中做到这一点？我总共有 1700 个 mTAD，我想看看数据中是否有任何模式。

非常感谢， 迪米特里斯

我的数据覆盖的范围很小，但我仍然喜欢在热图中显示数据点之间的微小差异。什么颜色键最适合最大化颜色强度（而不是生成灰色地图）以及如何在 pheatmap 中设置范围？

我正在尝试使用arrangeGrob() 在同一个.jpg 中绘制两个图。我才刚刚开始学习网格和 grob，我想我知道问题出在哪里：pheatmap 是一个网格对象并包含 grob 对象，不允许我将它放在安排格罗布中。这是真的？

我是否需要以某种方式将 qplot 放在一个网格中，将 pheatmap 放在一个网格中，然后将这些网格放在一个新的网格中？

上面的代码片段在使用时运行得很好

我经常在 RStudio 中创建大图，将其保存为 PDF，但也希望部分显示在 PDF knitr 报告中。有没有办法创建完整的对象，然后剪切一块（最好是左上角）并将第二张图片包含在 PDF 报告中？

例如，一个 pheatmap 代码生成一个包含 56 列和 100 行的图。我只想显示最左上角的 10col 和 10 行，但是如果我对输入数据进行采样，由于对不同数据进行聚类，我显然会得到另一个图。此外，我希望有一个适用于任何绘图类型（不仅是 pheatmap）的解决方案。

在此先感谢斯蒂芬

我是新手，我有一个生物信息学数据如下

在 pheatmap 中，我无法更改图例标签，标签始终是默认的。

这是我的代码

通过使用上面的代码，图例显示如下

但我想把图例改成下面

我在两个不同的 csv 文件中有两个矩阵，我想绘制它们具有相同的色阶。

这就是我现在拥有的，但它不起作用：

如您所见，两张图片使用相同的颜色范围（从蓝色到红色），但它们的含义不同：它们具有不同的间隔。

我想将相同的颜色与两个热图中的相同值范围相关联。

这是我的热图代码：

我怎么解决这个问题？

跟进这个问题，我找到了 pheatmap 功能（它为我提供了比 heatmap.2 更多的控制权）。

我有两个问题：

1- 我无法更改注释的颜色（类别）

2-即使我将输出保存在 png 文件中，图形窗口也会不断弹出

这是我的 MWE：

产生：

如您所见，这些颜色显然不是我指定的 Set1 调色板，而是默认的 pheatmap 颜色（删除 annotation_colors 行会得到相同的结果）。

所以我的问题是：如何在 pheatmap 中指定 annotation_colors？

另一方面，即使我将 pheatmap 输出保存在 png 文件中，图形窗口也会不断弹出，我该如何防止这种情况发生？

谢谢！

我知道如何使用 pheatmap 通过注释类别对行（基因）进行分组，并且我知道如何对整组行（基因）执行 Person 的相关聚类，但我想要完成的是执行聚类（并显示独立树状图）独立地在每个类别上。

这甚至可能吗？或者我是否被迫为每个类别创建单独的热图以在类别基础上进行聚类？

在下面检查我的 MWE：

产生：

我对 R 非常陌生，最近我一直在使用 pheatmap 库来生成热图。我的问题是我想以特定方式为热图着色。我将在下面描述：

1. 值 < 1 应该是一个色带（例如深蓝色到浅蓝色）
2. 正好等于 1 的值应该是深灰色
3. 值 > 1 应该是一个色带（例如深红色到浅红色）

我玩过breaks参数和color各种调色板的参数，但我似乎无法找到一个好的解决方案。我最接近的是这样的：

但这不允许范围的可视化，即 0.1 应该看​​起来与 0.9 不同的阴影，即使它们都应该是蓝色的。任何人都可以提供建议或建议吗？我确实看过这张票并考虑将 1 更改为 NA，但这对我来说有点太复杂了。更不用说我不得不关闭 pheatmap 的集群，这不是我想做的事情。谢谢！

我正在执行集群分析并在 R 中使用 pheatmap 函数。我想提取集群的每个成员。

我使用 kmeans 聚类生成 pheatmap 的命令是：

现在，我怎样才能获得每个集群的成员？

数据：

命令：

谢谢