range - 在具有小范围值的热图中使用哪种颜色键？

Question

我的数据覆盖的范围很小，但我仍然喜欢在热图中显示数据点之间的微小差异。什么颜色键最适合最大化颜色强度（而不是生成灰色地图）以及如何在 pheatmap 中设置范围？

Answer 1

您没有提供足够的信息来为您的示例数据提供一个准确的代码示例，但类似下面的内容是解决问题的一种方法。至于你想要使用的实际颜色，我建议你尝试一下，看看什么看起来最好，我刚刚用红色和蓝色作为代理。

pheatmap(yourdata, color = colorRampPalette(c("red", "blue"))(length(-12:12)),breaks=c(-12:12))

length() 设置范围，而 breaks=c(x:x) 告诉它在哪里进行中断。因此，假设您希望从 0 到 1 每隔 0.2 休息一次，您可以将其修改为：

breaks=c(0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)

您可以使用中断梯度来获得适用于您的数据集的东西。

这是我第一次尝试在这里回答问题，如果上面的内容对您不起作用，或者您对我所写的内容感到困惑，请告诉我。