r - 在安排格罗布中使用 pheatmap

Question

我正在尝试使用arrangeGrob() 在同一个.jpg 中绘制两个图。我才刚刚开始学习网格和 grob，我想我知道问题出在哪里：pheatmap 是一个网格对象并包含 grob 对象，不允许我将它放在安排格罗布中。这是真的？

我是否需要以某种方式将 qplot 放在一个网格中，将 pheatmap 放在一个网格中，然后将这些网格放在一个新的网格中？

library(grid)
library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(ggplot2)
hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))
hm=pheatmap(hmdat)
qp=qplot(1,1)
lm=rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
jpeg("plots.jpg")
arrangeGrob(qp,hm, layout_matrix=lm)
dev.off()

上面的代码片段在使用时运行得很好

arrangeGrob(qp,qp, layout_matrix=lm)

Answer 1

我不确定您是否想要 6 个数字，或者您想要两个数字，其中一个的宽度是另一个的两倍（我尝试进行最少的代码更改）：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")
library("ggplot2")

hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)
qp <- qplot(1,1)

lm <- rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
grid.arrange(grobs = list(qp,hm[[4]]), layout_matrix = lm)

这会给你：

与您可以并排放置多个 pheatmap 的方式相同：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")

hmdat <- rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)

lm <- rbind(c(1,2),
         c(3,3))
grid.arrange(grobs = list(hm[[4]],
                          hm[[4]],
                          hm[[4]]),
             layout_matrix = lm)

正如评论中提到的@hrbrmstr，您应该使用 pheatmap 对象中的第 4 项。还记得将grobs列表提供给grid.arrange