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我对 R 非常陌生，最近我一直在使用 pheatmap 库来生成热图。我的问题是我想以特定方式为热图着色。我将在下面描述：

  1. 值 < 1 应该是一个色带（例如深蓝色到浅蓝色）
  2. 正好等于 1 的值应该是深灰色
  3. 值 > 1 应该是一个色带（例如深红色到浅红色）

我玩过breaks参数和color各种调色板的参数，但我似乎无法找到一个好的解决方案。我最接近的是这样的：

pheatmap(mtx, 
     color =  c('#4444FF','#F4FF4F','#FF4444'), 
     breaks = c(0,1,2,3), 
     legend_breaks = c(0,1,2) )

但这不允许范围的可视化，即 0.1 应该看​​起来与 0.9 不同的阴影，即使它们都应该是蓝色的。任何人都可以提供建议或建议吗？我确实看过这张票并考虑将 1 更改为 NA，但这对我来说有点太复杂了。更不用说我不得不关闭 pheatmap 的集群，这不是我想做的事情。谢谢！

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您无法为特定值设置颜色，但您可以选择非常小的范围，例如[0.999,1.001]

您应该为问题中提到的范围设置中断，然后相应地分配颜色；

library(pheatmap)
bk1 <- c(seq(-2,0.9,by=0.1),0.999)
bk1 <- c(1.001,seq(1.1,3,by=0.1))
bk <- c(bk1,bk2)  #combine the break limits for purpose of graphing

my_palette <- c(colorRampPalette(colors = c("darkblue", "lightblue"))(n = length(bk1)-1),
              "gray38", "gray38",
              c(colorRampPalette(colors = c("darkred", "tomato1"))(n = length(bk2)-1)))

pheatmap(df, color = my_palette, breaks = bk, scale = "none", 
             cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

我使用以下方法制作了一个示例数据集rnorm.within：

   #V1 is random between -2 and 3 
   #V2 is equal to 1
   #V3 is random between 0 and 3

   df <- cbind(rnorm.within(1000, -2, 3),rep(1,1000), rnorm.within(1000,0,3))

这将是上面创建的数据的热图；

于 2017-06-06T21:18:46.873 回答