0

我想知道是否可以制作包含 200k 行的热图？我有一个以基因组坐标为行的矩阵，每列代表每个患者中该区域的存在或不存在。所以我有15个病人（列）。现在，当我尝试 heatmap.2 或 pheatmap 时，我遇到了内存分配问题，我将如何使用整个矩阵来生成热图。我的矩阵的值是 0 和 1，我想根据热图得出一些假设。我将如何使用它。我在我的笔记本电脑上尝试过一次，但没有帮助，所以我在我们的 linux 集群中进行了尝试，它非常强大。但仍然显示以下错误。我该如何解决这个问题。我还添加了sessionInfo(). 任何解决方法表示赞赏

data<-read.delim("path/H3_marks_map.txt",sep="\t", row.names=1)
pdf(file="path/map/H3_maps1.pdf")
pheatmap(data,scale="none")
Error: cannot allocate vector of size 170.5 Gb
dev.off()

sessionInfo()                           
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=C             LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8    LC_MESSAGES=C.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C          
[10] LC_TELEPHONE=C         LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RColorBrewer_1.1-2 pheatmap_1.0.7    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-6 grid_3.1.2       gtable_0.1.2     munsell_0.4.2   
[5] plyr_1.8.3       Rcpp_0.12.1      scales_0.3.0     tools_3.1.2
4

0 回答 0