我有一个形状为 .nii 的 nifti 文件（.nii）(112, 176, 112)。我想为其添加另一个维度，使其变为(112, 176, 112, 3). 当我尝试时，img2 = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)我得到一个错误。是否有可能用np.reshape或np.arange或任何其他方式做到这一点？

代码：

错误：

我有一个大脑 MRI，其中包含来自这个角度的切片：

我正在使用名为Flirt的大脑 MRI注册工具。该代码也可用于Python

我尝试使用取自另一位患者且角度不同的脑部 MRI 作为参考 MRI。这是从这个 MRI 中截取的切片（所有文件都是 nifti 格式）：

而现在，奇迹发生了。将第一个 MRI 作为配准工具的输入，将最后一个 MRI 作为参考 MRI

结果是配准工具 (Flirt) 的输出是 MRI，其中切片具有以下角度：

因此，配准工具似乎从输入 MRI 中提取了参考 MRI 的角度。这难以置信。这怎么可能 ？

如果我有一个从具有形状的 nifti 文件加载的数组，(112, 176, 112)并且我想添加第四维但不限于形状(112, 176, 112, 3)

为什么这段代码允许我在我想要的第 4 维中添加许多层：

但是当我尝试向文件的第四维添加更高的层数时，我得到一个错误。代码仅在axis = 3. 如果axis = 2形状是(112, 176, 336, 1)

错误：

我已经使用 nibabel 工具加载了一个 nifti 图像文件，并且我已经使用了一些属性。但我不知道如何计算单个体素的体积（以 mm³ 为单位）。

我已经使用 nibabel 工具加载了一个 nifti 数据集，但我不知道如何绘制包含数据集中所有卷的直方图。

我想在 python 中解压缩一批 nii.gz 文件，以便稍后在sitk 中处理它们。当我通过右键单击文件并选择“Extract..”手动解压缩单个文件时，该文件会被 sitk 正确解释（我做的是 sitk.ReadImage(unzipped)）。但是当我尝试使用以下代码在 python 中解压缩它时：

当 sitk 尝试读取文件时出现错误： RuntimeError: Exception throw in SimpleITK ReadImage: C:\d\VS14-Win64-pkg\SimpleITK\Code\IO\src\sitkImageReaderBase.cxx:82: sitk::ERROR: Unable确定“E:\BraTS19_2013_10_1_seg.nii”的 ImageIO 阅读器

同样，当尝试做一些不同的事情时：

我得到： RuntimeError: Exception throw in SimpleITK ReadImage: C:\d\VS14-Win64-pkg\SimpleITK-build\ITK\Modules\IO\PNG\src\itkPNGImageIO.cxx:101: itk::ERROR: PNGImageIO(0000022E3AF2C0C0 ): PNGImageIO 未能读取文件头：原因：fread 只读 0 而不是 8

谁能帮忙？

所以我正在为医学图像编写自定义数据集，使用 .nii（NIFTI1 格式），但存在混淆。

我的数据加载器返回 shape torch.Size (1,1,256,256,51)。但是 NIFTI 卷使用解剖轴，不同的坐标系，因此置换轴没有任何意义，我通常会使用由 2D 图像组成的卷，每个图像分别存储在具有 51 个切片图像（或深度）的本地驱动器中，如Conv3D 遵循约定(N,C,D,H,W).

所以torch.Size (1,1,256,256,51)（通常 51 是深度）不遵循约定(N,C,D,H,W)，但我不应该置换轴，因为数据使用完全不同的坐标系？

我正在尝试从一片 3d NIFTI 图像中提取 32x32 补丁并将其保存为 png。我在 R 中工作。NIFTI 图像包含 155 个 240x240 像素的切片。我已经在第 63 个切片上找到了感兴趣的区域，但是当我将其导出为 png 时，补丁默认保存为 480x480 像素大小。代码如下所示，其中 ROI 是一个 32x32 的区域，从 x 位置的 58:89、y 的 95:126 和切片 z=63 开始。

还有另一种方法可以使导出的png为32x32吗？还是有更有效的方法来做到这一点？

我正在使用 niftis（神经成像格式）查看大脑的 3D 体积。

我想将实验与大脑活动进行比较。

因此，我有大约 20 个 nifti 格式的实验文件。

和 4 个大脑活动文件也是 nifti 格式。

它们具有相同的大脑维度，并在大脑的特定区域/像素中显示一些值。

我如何绘制一个 sns.heatmap，它在 x 轴上有所有实验，在 y 轴上有所有活动文件。然后我想看一个热图相关图，用热图颜色绘制相关值。

我刚刚找到了 pandas 数据框的 sns.heatmap 图。有人可以帮忙吗？

我从

exp1, und act1 被读取为尺寸为 (57, 66, 40) 的 float64。

有人有想法吗？

示例数据：

我正在制作一个将 .nii 文件转换为 png(zip) 的网络应用程序。我已经在 python 中实现了主要逻辑，但在将其移植到 Web 应用程序时遇到了问题。

所以我想创建一个接受 .nii 文件并输出包含所有 .png 切片的 zip 文件的表单。到目前为止，我已经写了一个简单的视图：

视图.py

模型.py

不出所料，它不起作用，因为 nibabel.load 函数需要路径，而不是反对者 InMemoryUploadedFile。但我不知道还能做什么！