问题标签 [neuroscience]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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artificial-intelligence - 大脑建模

只是想知道,因为我们已经达到了每台 PC 1 teraflop,但我们仍然无法模拟昆虫的大脑。有没有人见过一个自学习、自开发的神经网络的体面实现?

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neuroscience - 如何对软件进行编程以接收和解释大脑活动?

有一些机器可以挂在某人的头上,它们可以记录大脑活动并将其显示在屏幕上。

我想知道是否有任何具有 API 或其他方法的已知组件,可以购买并与自定义软件链接以将大脑活动传输到软件,然后可以处理/解释它们,或者是否有其他方法以编程方式接收和解释大脑活动?

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python - 参数过多的类:更好的设计策略?

我正在研究神经元模型。我正在设计的一类是细胞类,它是对神经元(几个连接在一起的隔间)的拓扑描述。它有许多参数,但它们都是相关的,例如:

轴突节数、顶端分叉、体细胞长度、体细胞直径、顶端长度、分枝随机性、分枝长度等等……总共有大约15个参数!

我可以将所有这些设置为一些默认值,但我的类看起来很疯狂,有几行参数。这种事情也必须偶尔发生在其他人身上,有没有明显更好的设计方法或者我做对了?

更新: 正如你们中的一些人所问的那样,我已经附上了我的类代码,你可以看到这个类有大量的参数(> 15),但它们都被使用并且是定义单元拓扑所必需的。问题本质上是他们创建的物理对象非常复杂。我附上了这个类产生的对象的图像表示。有经验的程序员如何以不同的方式来避免定义中的这么多参数?

在此处输入图像描述

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r - 如何使用 ggplot2 在 R 中绘制周刺激时间直方图(PSTH)

假设我有两个条件,“a”和“b”。一个神经元在“a”条件下平均以 40 个脉冲/秒 (Hz) 的速度放电,在“b”条件下以 80 个峰值/秒的速度放电。对条件“a”的响应呈现 20 次,条件“b”呈现 10 次,每次呈现时间为 1000 毫秒。

可以绘制一个简单的直方图:

然而,这并没有在演示文稿中平均,因此,y 轴上的值大致相同。我想沿 y 轴绘制尖峰速率(尖峰/秒),这将表明条件“b”每秒引发大约两倍的尖峰。尖峰率不会随着演示数量的增加而增加,它只是变得不那么嘈杂。有没有办法在不预处理数据框 AB 的情况下做到这一点?

换句话说,我可以按照以下方式做一些事情:

其中 num_presentations 对于条件 'a' 为 20,对于条件 'b' 为 10,而 1000/binwidth 只是一个常数以使单位正确?

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xtk - XTK 中的艾伦脑图谱?

如何在XTK中渲染 Allen Brain Atlas( API 文档)?我应该使用什么格式?

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matlab - 加载clampex .abf文件以在matlab中进行分析

我是 matlab 新手,我希望以 Clampex 中生成的 .abf 文件的形式分析神经元的无间隙记录。我知道clampex本身不支持.abf文件?如何导入这些文件进行分析?

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matlab - Matlab 帮助:如何跳过或延迟事件

这是我用于实验的脚本。
对象听到 3 种不同的音调,每种音调代表不同的奖励金额。所以当音 1 出现时,没有奖励,而当音 2 和 3 出现并且对象触发 时photobeam(pb_broken),将给予奖励。
问题是,有时物体在没有听到音调的情况下获得奖励,因为它们靠近光束,从而触发它,并导致它释放奖励。
我想防止这种情况发生,但我不知道该怎么做。这是我的选择:

  1. 如果在音调之前触发了光束 1(有 2 个光束),则跳过该音调,并继续进行实验(不要再次播放该音调,并在原本应该出现的时候继续下一个音调)
  2. 如果在奖励音(2 和 3)之前触发光束 1,则跳过音(如上)
  3. 如果 pb 1 坏了,则将音调延迟 1 秒,从而将所有内容延迟 1 秒,但仍以 1200 秒结束。这将是理想的情况。

这是我的代码:

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c++ - 使用迭代器数组读取稀疏信息

我目前正在编写一个 c++ 代码来使用脉冲列车来解决理论神经科学中的一个问题。然而,实际的神经科学与我的问题无关。基本上,我有一个很长的时间框架,我想在这段时间内存储每次神经元“触发”的时间。由于“触发”是一个离散事件,这可以通过简单地将每个事件的时间记录到一个 c++ 向量中来完成,从而创建一个更稀疏的表示,然后存储有关每个时间点的信息。让这变得困难的是我想一次处理几个神经元。我对这个问题的解决方案是创建一个类,包括从每个神经元的标识符(一个整数)到该神经元的向量的映射:

这部分的地图工作正常。当我试图询问时,问题就来了:在任何给定的时间步发生了多少事件。这是一个更容易提出然后回答的问题,因为如果你记得的话,只有每个神经元上发生事件的时间才会被存储。因此,我转向使用迭代器初始化迭代器数组的策略:

每个事件的第一次由对应于单个神经元的迭代器指向 [N() 只是我正在计算的神经元的数量,即向量],即其尖峰向量中的第一个条目. 然后,我尝试通过查看每个时间来遍历我的稀疏 sudo 矩阵,计算当时尖峰的神经元数量,如果神经元确实尖峰,则将数组中的相应迭代器移动到其向量中的下一个条目:

那么,我的问题在于尝试访问数组中的每个迭代器以与当前时间进行比较。我得到一个

EXC_BAD_ACCESS(代码 = 1,地址 = 0x0)

在:

我是 C++ 的新手,一般来说是非 matlab 编程的新手,所以如果这篇文章中有任何令人发指的失礼,我深表歉意。话虽如此,我在导航这个复杂的结构时遇到了很大的困难。谢谢!

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python - fvtk 无属性白色

我使用了http://nipy.org/dipy/examples_built/segment_quickbundles.html中的示例代码;但是我遇到了模块导入错误。忍者 说道:

fvtk.add(r, fvtk.line(streamlines, fvtk.white, opacity=1, linewidth=3)) AttributeError: 'module' object has no attribute 'white'

任何建议将被认真考虑

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python - Connectomeviewer 无法导入 dipy 模块

虽然我安装了 dipy 但无法导入,但我也先安装了 dipy,所以它不在 connectomeviewer 的文件夹中,我需要将 dipy 移动到 connectomeviewer 文件夹还是做其他事情?谢谢!像这样导入: