问题标签 [neuroscience]

Is there any documentation/help manual on how to use SNAP (Simulation and Neuroscience Application Platform)1.

I wanted to run the Motor Imagery sample scenario with a .avi file for the stimulus instead of the image. How can that be done?

The following error is obtained when using the AlphaCalibration scenario which gives code to play an avi file.Any help appreciated

我正在做免疫组织化学，我有两个不同的信号，想做细胞计数。

我的想法是在二维（标记 1，标记 2）中使用 z 堆栈（20 帧）。这对我来说一张图片没有问题。但是，我正在查看的区域很大并且我想使用高放大倍率，所以我想将不同的图像组合成一个非常大的图像，这也是在两个标记中 z 堆叠的。

这可以做到吗，有什么提示吗？

编辑：另外，需要注意的是，我没有带电动载物台的共聚焦显微镜，只有没有机动载物台的常规落射荧光显微镜。

谢谢，普拉兹

我通过在基本网络上使用具有 sigmoid 激活函数的 encog 库制作了小型乘法神经网络。我的问题是我在未经训练的数据上遇到了很大的错误。我怎样才能更好地增强未经训练的数据。更不容易出错。

首先我尝试：train.getError() > 0.00001 到 train.getError() > 0.0000001 将错误减少到更少会产生更清晰的结果。但这并没有帮助。

增加隐藏层也没有帮助：network.addLayer(new BasicLayer(new ActivationSigmoid(),false,128));

我试图增加每层的神经元数量，但也没有帮助

我怎样才能得到更清晰的结果？

什么是偏见？什么时候使用它？

我看过： http ://www.heatonresearch.com/wiki/Activation_Function 但我只使用sigmoid。何时使用其他人或我需要更改激活功能？

这是我的代码：

这是我最后一次尝试似乎更有效但还不是很好：

我正在使用 MATLAB ODE 套件来求解一个由 13 个微分方程组成的系统，这些方程决定了神经元的行为。现在我想添加第二个神经元，它由同一组微分方程操作，但受第一个神经元的影响。更重要的是，这第二个神经元也会影响第一个神经元。（这两个单元之间的前馈和反馈。）

有没有方便的方法来做到这一点？我可以将微分方程分布在两个函数文件上，还是必须将它们复制到原始文件下面，以便在同一个文件中有更长的方程列表？我希望能够每个单元格有一个文件，并以某种方式保持这种组织。（如果我可能想再次将其扩展到三个或四个神经元。）

如果我的问题有任何不清楚或不够具体，请指出。我会尝试解释我在做什么/尝试更好。

我正在尝试对 fMRI 数据数据库进行元分析，通过 idle 使用neurosynth python 库。当我尝试运行一些最基本的功能时，我得到一个错误，而不是我自己的代码的错误，或者在神经合成器模块中，错误似乎是空闲本身的错误。

我卸载并重新安装了 python 2.7，重新安装了 neurosynth 及其依赖项，并遇到了同样的错误。我在下面粘贴了我的代码，然后是错误消息，它出现在 unix shell（而不是空闲 shell）中。

在使用 idle 和 python 2.7 之前有人遇到过这个错误吗？

剧本：

出现在 unix shell 中的错误消息：

提前致谢！

我有一些 Nifti 文件格式的预处理 fMRI 数据，我想访问与特定大脑区域相关的 BOLD 值，例如右前岛叶。我知道有很多功能可以从 nifti 文件导入数据，但我想确保 BOLD 值字面上代表感兴趣区域中的活动，因为我想基于此进行一些分类。

有没有什么好的和有效的方法可以做到这一点，最好是一些与 SPM 相关的功能？

我有一些患者脑图的所有这些 Dicom 文件。我按患者、地图、b_value 和切片对它们进行排序。大脑的每一片都有 15 个渐变 dicom 文件、一个“b zero”dicom 文件和一个“b_x”各向同性 dicom 文件（我的老师说它对我需要做的事情没用）。现在我必须对它们进行一些 DTI 分析，因为我的老师要求我将它们转换为 .nii 文件并使用 FSL 进行校正，进行涡流校正，然后我应该“重新对齐”每个切片中的 15 个渐变中的每一个到它的 b_zero。你知道我如何用 FSL 做这最后一件事（“重新排列”）吗？另外，我应该在重新对准之前还是之后进行涡流校正？提前致谢！

我有一个network.py包含以下内容的脚本：

此脚本引发TypeError, 因为simulation_clock未作为参数传递给NeuronGroup.

但是，如果我按如下方式拆分我的代码

它运行顺利 - 即，没有TypeError。

我的问题的答案可能部分与 的细节有关NeuronGroup，但它也比这更笼统：为什么通常相同的确切代码- 在这种情况下simulation_clock = Clock(dt=dt)- 与其余代码并execfile在与其余代码相同的脚本中调用时？

关于 的细节NeuronGroup，当提供 no 作为参数时，将调用以下函数（使用默认关键字参数）Clock，以查找 的已定义实例Clock：

由于某种原因，此函数无法找到在以 .Clock调用的单独文件中定义的实例execfile。所以我想这是一个brian引起普遍问题的错误。（如果社区觉得这个问题太具体，我会删除它。）

我正在尝试在 matlab 上使用 MyRobustCrust 从 MNI 大脑模板创建线框 3d 模型。我的目标是能够确定皮质表面的 MNI 坐标。

为此，我遵循此站点上列出的说明：http ://soundsfromthenorth.com/?p=3

不幸的是，管理员似乎不再活跃。

按照网站的说明，我已成功从 FSL 中提取数据集（“MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii”）。但是，当我去运行 MyRobustCrust 时，使用以下输入（按照站点的指示），我得到一个空白图表。

代码输入

代码输出：

不幸的是，我对神经影像学和 Matlab 非常陌生。有人对我在这里做错了什么有任何建议吗？错误信号是否表示 MyRobustCrust 的代码或数据中存在不平衡或意外的括号？

我在网上找到了这个工具箱。

有一件事我无法理解。工具箱使用：

考虑偏移和漂移。我无法理解 fMRI 信号中的“偏移”和“漂移”代表什么？为什么工具箱使用这种格式来解释偏移和漂移？