问题标签 [nifti]

我使用 plot_glass_brain 用 nilearn 可视化 3D 图像（Nifti），但显示不正确。见下面的代码和图片

该2_1_t2.nii文件可在此链接上找到：https ://drive.google.com/file/d/1_gsg8sO9c7Ws6Xd7xB1uFSW8H31tAHtm/view?usp=sharing

所以我试图混合两个不同的 NifTI 数据集，但是当我在 2D 中查看它们时，它们都有不同的平面，其中一个也是倒置的。

我的问题是：

1）如何在 NifTI 中更改平面？

2）另外我如何旋转飞机？

先感谢您。

我正在使用 fsleyes 通过提供参考图像来重新采样图像，但是生成的重新采样图像被裁剪了？

蓝色是重采样覆盖

我尝试提高参考图像的分辨率，但这也无济于事。

我有一些尺寸为（50、100、50）的 3D nifti 文件。我想翻转 y 和 z 轴，使尺寸为（50、50、100）。执行此操作的最佳方法是什么，我将如何修改与文件相关的仿射？

目前，我正在将 nifti 文件制作成一个 numpy 数组并像这样交换轴

我对下一步感到困惑。我知道我可以使用该函数nib.Nifti1Image将 numpy 数组变成一个 nifti 对象，但是我将如何修改仿射以考虑轴的变化？

感谢您的任何帮助。

我有一个关于为生物医学图像创建 nifti 卷的问题

我通常在 python 中使用 nibabel 来加载和创建 3D nifti 卷，但我最近有一组具有不同切片厚度的图像（奇数切片为 300 微米（0.3 毫米/像素），偶数切片为 60 微米（0.06 毫米/像素）在厚度方面）。

我通常使用以下代码将 nifti 转换为创建 3D numpy 数组文件：

以及创建 3D numpy 数组后我通常会做什么：

但在这种情况下，我认为不会保留每个切片中的厚度信息，切片厚度体素大小将全部设置为 0.232。

是否有另一种方法可以在保留单个切片体素大小的同时堆叠 nifti？还是我必须首先更改单个 nifti 厚度才能首先获得统一的体素大小？（例如将 0.3 毫米/像素的 nifti 更改为 0.01 毫米/像素，厚度为 30，0.06 毫米/像素更改为 0.01 毫米/像素，厚度为 6）

提前致谢

对于我的论文，我有 16 个 nifti MRI 图像（Dim：162×162×192），我的计划是使用 Conv 神经网络，我将 10 和 6 个图像划分为训练和测试图像。问题是，如何将 Unet 中的 nifti 图像作为输入和输出的训练图像提供，以及如何提供测试图像？谢谢你。

我有 191 个不同的 png 图像。

如何将它们转换为一张 3d nifti 图像？

我创建了一个 tflite 模型来在 iOS 应用程序上执行医学图像分割。nii 文件将被加载并转换为 numpy 数组，然后使用 tflite 模型执行推理。通常，这是在 python 上使用 simpleITK 库完成的。如何在 Swift 中做到这一点？

我是 swift 新手，很抱歉这个幼稚的问题。

我正在尝试获取一些 DICOM 堆栈并将它们转换为 Nifti 文件。当我进行转换并在 3D 查看器中打开新的 Nifti 文件时，体积在 z 方向上被粉碎在一起。Nifti 文件不知道切片之间的间距是多少。据我了解imageio.volread()，不会读取元数据。我尝试使用pydicom.filereader.dcmread()但只读取一个文件。转换格式时如何将元数据从 DICOM 堆栈复制到 Nifti 文件？

更新：

我正在使用Nifti1Header和设置我的体素间距，但是当我在其他程序中保存和打开文件时，体素间距仍然是 1x1x1。当我在保存 pixdim 显示之前打印标题时[1. 0.09 0.09 0.09 1. 1. 1. 1. ]。

标题：

仿射：

所需仿射：

我有一个包含 DICOM 文件的文件夹（例如 CT 扫描），我需要提取体积的仿射信息，因为我将生成一个遮罩，稍后需要它来对齐体积和遮罩。

但是，我现在拥有的解决方案根本不是最佳的。我使用 dicom2nifti 包首先从包含 DICOM 文件的文件夹创建一个 nifti 文件，然后我使用 nibabel 打开创建的 nifti 文件。然后我使用 nii.affine 获得仿射信息（其中 nii 是加载的 nifti 文件 python 对象）。
这就是为什么创建 nifti 文件需要很多时间的原因。

如何使用 python 获得仿射矩阵？