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我有 360 个 3D-nifti 文件，我想读取所有这些文件并使用Nifti Analyze 工具保存到一个 nifti 文件中，该工具应该会产生一个大尺寸的 4D 文件。到目前为止，我已经写了以下几行

此代码有助于使用 4D 结构并包含所有图像的变量 temp。然而，myfile.nii 只是一个文件，它不是所有的图像，因为它的大小只有 6mb，它应该至少有一个 1gb。有人可以看看，让我知道我哪里错了吗？

我正在尝试pynifti从源代码编译包（涉及 Anaconda Python 发行版的长篇故事）。

运行后make，我收到以下错误：

实际上，手册 ( man gcc) 中没有关于--no-undefined开关的信息。我的版本gcc是4.8.5。另外，我在https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Option-Index.html#Option-Index中找不到该no-undefined选项

但是，从强制 GCC 通知共享库中未定义的引用，我推断它至少对于某些版本的gcc.

尝试使用 nibabel 从 dicom 到 nifti。寻找单独保存标题和图像的方法，我完成了其余的工作。

nibabel.Nifti1Header 有一个 write_to 函数，但只接受一个 fileobj。如何将带有保存文件路径名的 Nifti1Header 实例传递给该方法？说需要 2 个参数，但是你输入了一个字符串路径名，它不喜欢这个字符串。

nibabel.save 方法采用 img 矩阵、仿射矩阵和标头，但是只能以组合 .nii 格式保存，这会将标头字典中的“魔术”元素更改为 n+1 而不是单独的 .hdr/ 所需的 ni1 .img

我的标题都准备好了，而图像，只是找不到保存它们的方法。

谢谢

只是试图让我的头脑围绕 Julia 并遇到类型成员应该是特定类型或者它也可以是nothing. 所以，我尝试了以下方法：

但是，当我尝试初始化此对象时，我得到：

错误：LoadError：LoadError：MethodError：没有方法匹配 Union(::Type{NIfTI.NIVolume}, ::Void)

我想这样做的原因是没有很好的默认方法来初始化NIVolume对象，在需要之前让它保持未初始化似乎是个好主意。

我正在尝试使用 C3D 操作 .img 或 .nii 文件。但是，在使用这些文件时，我得到以下信息：

当我不尝试创建任何东西时，就会发生这种情况，例如c3d (filename).nii -info-full导致相同的错误消息。在分析后使用 .img 文件 - Nifti 转换不会改变任何东西。

编辑

无论我使用什么类型的文件都会发生这种情况，即使是 PNG 文件上的 -info 也会返回相同的错误。

我正在使用 ITK-SNAP 来比较几个条件之间几个感兴趣区域的强度。

对于某些主题，我需要使用“配准”工具将一张图像与另一张图像重新对齐。

但是，我注意到无论我如何注册，我在参考图像上绘制的特定分割的强度值都不会改变。

两个图像之间的值会有所不同，但即使我手动将第二个图像注册到完全关闭的东西，它也会保持不变。

是否可以根据它在注册图像上的位置来获得我的分割的实际平均强度？

我在 Nifti 文件 (.ii.gz) 中有 3D 数组，我想将其保存为 3D numpy 数组。我使用 Nibabel 将 Numpy 转换为 Nifti1。我可以做相反的事情吗？

我是 NiBabel 的新手。我想知道如何使用这个库从 Nifti 图像中获取强度矩阵。我使用以下脚本来获取体素：

一开始我以为数据包含体素的强度，但是当我打印它时，我看到了负值，在图像中有负强度似乎很奇怪，你不觉得吗？我需要在 nifti 图像中获取体素的强度，是否可以使用 nibabel？如果没有，你能建议我另一个解决方案吗？谢谢。

我正在尝试从 R 中的直方图中提取一些指标。为此，我在 nifti 中有一个图像，并绘制了相应的直方图。之后我想提取平均值、中位数、峰高、峰值和峰宽。为此，我有以下代码：

我会感谢一些帮助来计算峰值指标（高度、宽度和值）。谢谢！

我想在 SPM 中完成一项有点具体的任务。

基本上，我有一些输入 NII 文件scan.nii，我想对其应用任意仿射变换，由x y z p r yw.

x,y,z,p,r,yw表示每个自由度的平移和旋转（比如x=2mm，p=0.7deg等等）。我可以得到一个合适的矩阵M=spm_matrix([x y z p r yw])，但我不知道如何才能将这个矩阵实际应用到我的扫描中。

理想情况下，我希望它使用新文件名或简单地作为 Matlab 变量输出，这样我就可以对同一个图像多次执行此操作，但这不是明确必要的。

谢谢您的帮助。