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我是 NiBabel 的新手。我想知道如何使用这个库从 Nifti 图像中获取强度矩阵。我使用以下脚本来获取体素：

一开始我以为数据包含体素的强度，但是当我打印它时，我看到了负值，在图像中有负强度似乎很奇怪，你不觉得吗？我需要在 nifti 图像中获取体素的强度，是否可以使用 nibabel？如果没有，你能建议我另一个解决方案吗？谢谢。

我正在尝试使用and绘制.nii数据。我正在使用 python 3.5 并成功安装了这两个软件包。但是，当我尝试导入模块时，它正在返回 -nibabelnilearnImportError: No module named 'nilearn'.

我在这里想念什么？

我想以 D3.js 兼容的 JSON 格式导出我的工作流的 DAG：

不幸的是，它抱怨缺少输入文件。

文件丢失的事实是正确的，但我希望它无论如何都能运行，尤其是在将keepgoing选项设置为True.

有没有一种聪明的方法可以在没有输入文件的情况下导出 DAG？

谢谢，扬

从这个问题How to convert Nifti file to Numpy array? ，我创建了一个 nifti 图像的 3D numpy 数组。我对这个数组做了一些修改，比如我通过添加零填充来改变数组的深度。现在我想将此数组转换回 nifti 图像，我该怎么做？

我试过：

但它不能识别nii扩展名。我也试过：

这也行不通，因为如果我想使用功能img就必须这样做。在上面的两个例子中都是一个 3D numpy 数组。nibabel.nifti1.Nifti1Imagenib.saveimg

我正在 FSL 中运行 VBM 分析。我在 JISC 邮件档案中搜索了此错误的解决方案，但没有运气。我的笔记本电脑上有很多可用空间，所以这不是空间问题。我在多个 Mac 系统上也遇到过这个问题。任何帮助将不胜感激，我已经为此苦苦挣扎了好几天。

当我运行代码“fslvbm_2_template -n”时，我希望创建一个名为 template_4D_GM 的文件，但在输出中会出现以下错误代码：

运行“fslvbm_2_template -n”时，我发现 fslvbm2a 和 fslvbm2b 将正常运行，但我在 fslvbm2c 遇到了问题。当我从 fslvbm_2_template 运行这段特定的代码时 - FSLVBM 模板创建（http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/tutorial_packages/OSX/fsl_501/bin/fslvbm_2_template）：

我有一个 nifti 格式的 3D 医学图像的二进制掩码，“mask.nii.gz”，我想从中提取表面网格。

我可以将二进制掩码数据加载到 numpy.ndarray 中，如下所示

但不确定如何使用上面的 image_data 使用 vtkDiscreteMarchingCubes() 渲染表面并从渲染表面输出顶点。

有人可以阐明这个问题吗？抱歉，我对这里的 VTK 库很陌生。提前谢谢了。

一般线性模型分析通常用于 fMRI 数据。我对 MRI 数据进行了相同的分析，发现与行为得分列（设计矩阵）线性相关的集群。我想知道这个分析是否会给我正确的结果。如果有人对此有任何想法，请告诉我，我可以分享更多所需的信息。我正在做这个聚类，以便我可以在大脑 MRI 中找到有趣的区域来创建一个掩码，然后将它传递给 CNN 以获得更好的分类结果。

这是我收到的错误我是新手，我想在 shell 中运行以下脚本，但出现错误，COLUMN.nii文件是一个漂亮的文件，其中包含一组值从 1 到 10 的掩码和我想在for循环中使用这个 AFNI 命令将这些掩码分成单独的漂亮文件。

欢迎任何建议，谢谢K。

我想知道一些事情来消除我的困惑。我想处理来自 ADNI 数据库的医学神经影像 MRI 影像扫描数据集。

每个阿尔茨海默病 (AD) MRI 图像扫描都有多个切片。我是否必须分离每个图像扫描切片并将它们中的每一个标记为 AD 或将所有图像扫描切片组合为一个图像扫描并将其标记为分类？

大部分医学神经影像为DICOM、NfINT、NII等格式。是否必须将它们转换为 CNN 网络模型的 png 或 jpg 或将其保留为 NfNIT 或 nii 格式？

我已经阅读了几篇关于阿尔茨海默病的神经影像学的现有论文，但没有找到上述问题的答案。甚至我已经向研究论文作者发送了一封电子邮件作为回复；我知道他们对此无能为力，因为他们非常忙，并为此表示诚挚的歉意。

如果有人能解答我的困惑和想法，那将非常有帮助。谢谢你。

尝试运行 FSL dtifit 时，我收到一条错误消息，指出 bvec 和 bval 文件的条目数不同。

我试过 awk '{print NF; 退出}'文件名.bvec awk'{打印NF；exit}' filename.bval 并得到 33。

此外，我检查了 echo $LANG 并得到了 de_CH.UTF-8

任何建议将不胜感激！谢谢你。