问题标签 [nifti]

我收到了单个 fMRI 会话的多个 Nifti 图像，其中每个体积扫描都已保存到单个 3D-Nifti 文件中。这些被命名为'foobar_001.nii'、...、'foobar_187.nii'。我想合并这些并编写了以下 for 循环来做到这一点。

如您所见，我想确保也复制标题信息。我的问题：这个'header=header'真的足够了吗？我问是因为 imgs 具有 4 元组形状，但我使用的标题来自 3 元组形状。我对 nibabel 或 Nifti 文件格式的内部结构不太熟悉。我错过了什么吗，即，我是否需要复制其他任何内容？

我想使用 scikit-learn 机器学习变体对我的神经影像数据进行数据处理，特别是 Nifti 文件类型的 fMRI 数据。

Nilearn 提供了这个平台。但是，我不明白Nitimasker的工作原理是怎样的。它如何将 4D fMRI 数据转换为 scikit-learn 的 2D 数据。

我有 1 个主题的 4D 数据，即(40, 64, 64, 1452)Haxby 数据。我使用Nibabel来访问图像。如果我想处理一个平面，[20, :, :, 1]我[20, :, :, 1452]可以np.flatten成为[n_samples,n_features]scikit-learn 的平台吗？

实际上我有 .fig 文件并想将其转换为 nifti 文件（.nii），然后我找到了请求 .mat 文件的 make_nii 函数。

Tudor DICOM我使用来自.nii 的插件将 NifTi (.nii) 数据集转换为 DICOM 数据集ImageJ。生成的文件可以在 ImageJ 中正常工作，但不被 ITK 接受。

我变成了这些警告：

有人可以帮我吗？

我正在寻找一个将 4D-Nifti 文件作为 arg 或文件名传递的函数，它将产生一个 4D 张量。

你能给我指出一个好的方向或好的图书馆吗？

1）也许您可以为VTK中帖子的答案添加一个具体示例-如何从NIFTI图像中读取每个单元格的张量/矩阵？

即采用“example.nii”并给出4D张量。

试图

从其他堆栈帖子和谷歌搜索中，我遇到了 VTK、CImg、Niftilib。但我发现很难理解他们的文档，因为它似乎太基础了，人们甚至不需要对此发表评论。

例如，我认为 VTK 图像数据可能会有所帮助 http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkImageData.html

但我还无法解析它。

我也很好奇在没有任何扩展库的情况下转换它是多么容易：Matlab 代码似乎很短，所以我会继续尝试将它翻译成 C++。

谢谢

上下文是大脑的 DTI 4D 成像。将大脑 nifti 文件切片转换为 4D 衰减张量。

我正在尝试在 MATLAB 中制作一个也运行一些命令的脚本。到目前为止一切正常，除了nii2mnc. 当我在 cmd 中运行它以及在 MATLAB 中通过我的脚本运行它时，我得到了不同的结果。

起初问题是nii2mnc我使用的版本。我解决了这个问题，并且我在两者中都使用了相同的版本。

我得到的 mnc 文件虽然有不同的大小（我的脚本中的那个更大）。

有什么建议么？

我用 nibabel 写出 3D 灰度 .nii 文件并在 NIfTI 查看器（Mango、MCIcron）中打开它们没有问题。但是我无法写出 3D 颜色，因为每个 RGB 平面都被解释为不同的体积。例如，由此产生的输出：

被视为 3 个独立的 20x201x202 卷。我还尝试将颜色平面放在第一个轴上（即 np.random.rand(3, 20, 201, 202)），但遇到了同样的问题。环顾四周，对于 24 位 RGB 平面图像，似乎有一个“数据集”字段需要设置为 128。关于 nibabel 的一件好事是它如何根据提供给它的 numpy 数组自动设置标题。然而，这是一个模棱两可的情况，如果我打印标题信息，我可以看到它将数据类型设置为 2（uint8），这可能是观众将其解释为单独卷而不是 RGB24 的原因。我在API中没有看到任何官方支持设置数据类型，但 文档确实提到了对具有“很大勇气”的人的原始字段的访问权限。这样做，即

用于更改标题值

给出“数据类型：RGB”但在写入时

我收到一个错误：

如果某些 arr_dtype != out_dtype 会引发异常，所以大概我对原始标头的黑客攻击导致了一些不一致。

那么，有没有合适的方法来做到这一点？

ITK/SimpleITK 是否通过使用 Nifti 文件的元数据中的重新缩放截距和斜率来自动满足 HU 的需求，就像它对 dicom 文件（来源）所做的那样？如果不是，我如何读取 python 3.4 中的元数据？我完成了这门课，但我似乎无法访问 ReadImageInformation() 函数。

我发现标题和数据之间的图像不一致：

这是预期的吗？我可以要求 Nibabel 以与标题一致的方向提供数据吗？或者我如何确定哪个维度是哪个？

非常感谢您的建议：）

我正在尝试写出我从 DICOM 图像创建的 NIfTI 文件。在这个例子中，我使用了来自 Kaggle 的 Data Science Bowl 的 DICOM 图像。

您必须接受条款才能下载示例文件，但可以在“stage1”文件夹中找到它：

https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science-bowl/data