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我正在尝试写出我从 DICOM 图像创建的 NIfTI 文件。在这个例子中，我使用了来自 Kaggle 的 Data Science Bowl 的 DICOM 图像。

您必须接受条款才能下载示例文件，但可以在“stage1”文件夹中找到它：

https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science-bowl/data

pacman::p_load(oro.dicom, oro.nifti)
all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe <- readDICOM("stage1/fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe")
nii_test <- dicom2nifti(all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe)
d=dim(nii_test); d; class(nii_test) #512 512 111
nii_test

NIfTI-1 format
  Type            : nifti
  Data Type       : 4 (INT16)
  Bits per Pixel  : 16
  Slice Code      : 0 (Unknown)
  Intent Code     : 0 (None)
  Qform Code      : 2 (Aligned_Anat)
  Sform Code      : 2 (Aligned_Anat)
  Dimension       : 512 x 512 x 111
  Pixel Dimension : 0.68 x 0.68 x NA
  Voxel Units     : mm
  Time Units      : sec

fname="output_3D_file"
writeNIfTI(nim=nii_test, filename=fname)

Error in if (!all(object@dim_[indices] > 0 & pixdim(object)[indices] >  : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
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1 回答 1

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异常是由 Pixel Dimension 中的 NA 引起的

nii_test@pixdim[4] <- 1

将像素尺寸校正为 0.68 x 0.68 x 1

在这一步之后，我能够保存文件。

祝你在比赛中好运！

于 2017-02-09T13:50:58.583 回答