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我收到了单个 fMRI 会话的多个 Nifti 图像，其中每个体积扫描都已保存到单个 3D-Nifti 文件中。这些被命名为'foobar_001.nii'、...、'foobar_187.nii'。我想合并这些并编写了以下 for 循环来做到这一点。

import numpy as np
import nibabel as ni

def merge_nii_files (sfile, ns):
    # This will load the first image for header information
    img = ni.load(sfile % (3, ns[0]))
    dshape = list(img.shape)
    dshape.append(len(ns))
    data = np.empty(dshape, dtype=img.get_data_dtype())

    header = img.header
    equal_header_test = True

    # Now load all the rest of the images
    for n, i in enumerate(ns):
        img = ni.load(sfile % (3,i))
        equal_header_test = equal_header_test and img.header == header
        data[...,n] = np.array(img.dataobj)

    imgs = ni.Nifti1Image(data, img.affine, header=header)
    if not equal_header_test:
        print("WARNING: Not all headers were equal!")
    return(imgs)

nii_files = "example_%0*d.nii"
images = merge_nii_files(nii_files, range(1,187))

如您所见，我想确保也复制标题信息。我的问题：这个'header=header'真的足够了吗？我问是因为 imgs 具有 4 元组形状，但我使用的标题来自 3 元组形状。我对 nibabel 或 Nifti 文件格式的内部结构不太熟悉。我错过了什么吗，即，我是否需要复制其他任何内容？

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1 回答 1

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不，我没有错过任何东西。以上工作。

于 2016-10-21T08:11:26.800 回答