问题标签 [nifti]

我正在尝试实施该软件包：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来超级简单，但他们需要 .nrrd文件。我的文件是.nii.gz。我该如何解决这个问题？另外，有没有人尝试在 TCIA 数据上应用 PyRadiomics？如果是这样，我可以看看你的 github 或 Jupyter Notebook 吗？

非常感谢。

我的 R 脚本加载了一个 4 维数据集，它是 3D 医学图像的时间序列。我使用时间序列创建一个掩码，以排除在每个时间点具有值 0 的体素（3 维像素）：

因此，要在我想要做的掩码内的索引处找到每个时间点的值：

但这给了

所以只有第一个时间点的结果。是否有类似的方法来制定它，以便它也返回其他时间点（我的想法是，voxelsfound=voxels[indices,]但它不起作用），还是只能使用 for 循环或类似的循环？

在 Python 中，我会做这样的事情（使用mformask和vfor voxels），使用该nonzero函数立即访问索引：

我试图从具有相同名称但扩展名不同的文件夹中读取和写入文件=>从中提取数据=>重写。这是我的代码：

我试着做检查：

但没有成功文件的名称是 sub01_T1w.json, sub01_T1w.nii.gz, sub01_T1w1.json, sub01_T1w1.nii.gz ...

我目前正在处理一个处理来自 .hdr 图像的 .nii 文件的项目。无论如何在 python 中将 HDR 转换为 NiFti 文件？

请帮忙。

谢谢。

我有 img/hdr 文件的列表。假设列表长度为 50，img 大小为 60*60*60。我想将其转换为大小为 (60*60*60*50) 的 Nifti1image。

通过上面的程序，我得到了我想转换为 Nifti1image 的列表。然后我尝试

但我没有工作。有人可以告诉我如何在 python 中执行此操作吗？

我有一个 nii.gz 格式的文件，有 20 个切片。但是有一些问题，我只需要前 13 片。所以我使用 load_nii 或 simpleITK 来获取 20 个 silces 的数组。我想做的只是使用前 13 个切片（现在是数组）来生成一个新的 nii 序列。

对于我正在做的一个项目，我想编写一个脚本，可以计算 nifti 格式（.nii 扩展名）的 MRI 图像的总脑容量。我不知道该怎么做是遍历所有单个体素并提取其中的整数数据。有人知道该怎么做吗？

这是我用来在 Python 中加载特定 nifti 图像的代码：

这是生成的输出/图像数据：

这是我能提供的所有信息，我很抱歉我的问题不再具体。

我想打开一个二进制文件，或者至少当我尝试用 vscode 编辑器打开它时，就是说，无法打开，因为是一个二进制文件。

有人可以向我解释我可以做什么才能打开此类文件并阅读内容吗？

关于 .nii 文件格式。是NIFTI1，用于 MRI 等医学可视化。

我想做的是在最低级别读取这个文件，然后进行一些计算。

我想为此使用 Node.js，而不是任何 Python 或 C++。

可以在此处找到有关文件格式的更多详细信息。

https://nifti.nimh.nih.gov/

我正在尝试制作一个模型来使用 nii 格式的图像进行训练。我可以使用 nibabel 库从本地文件系统读取文件但我没有找到任何合适的库来使用 pyspark 从 hdfs 读取 nii 文件。我还尝试使用 spark 二进制文件进行阅读。没有一种技术做得很好。

我可以使用 nibabel 库从本地文件系统读取文件但我找不到任何合适的库来使用 pyspark 从 hdfs 读取 nii 文件。我还尝试使用 spark 二进制读取。我还尝试复制到对象并作为对象读取。

这是我如何阅读 JPG 图片进行训练的代码。同样，我需要阅读 nii 文件。

Python 或任何其他语言有没有办法将 .raw/mhd 图像数据转换为 Nifti/nii？

我可以通过 SimpleITK 在 python 中加载 .raw/mhd 文件，如本文所述： Reading *.mhd/*.raw format in python

我很难导出为具有适当尺寸的 nii... 理想情况下会使用原始 mhd 文件中的标题信息...

谢谢