python - 医学影像数据 - 如何将 .raw/mhd 转换为 Nifti/nii

Question

Python 或任何其他语言有没有办法将 .raw/mhd 图像数据转换为 Nifti/nii？

我可以通过 SimpleITK 在 python 中加载 .raw/mhd 文件，如本文所述： Reading *.mhd/*.raw format in python

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

我很难导出为具有适当尺寸的 nii... 理想情况下会使用原始 mhd 文件中的标题信息...

谢谢

Answer 1

您应该可以使用 SimpleITK。你会做这样的事情：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("input.mhd")
sitk.WriteImage(img, "output.nii")

如果python中没有SimpleITK，安装如下：

点安装 SimpleITK

SimpleITK 尽最大努力保留所有标头信息，尽管它并不完美。希望体素尺寸将被保留。