对于我正在做的一个项目,我想编写一个脚本,可以计算 nifti 格式(.nii 扩展名)的 MRI 图像的总脑容量。我不知道该怎么做是遍历所有单个体素并提取其中的整数数据。有人知道该怎么做吗?
这是我用来在 Python 中加载特定 nifti 图像的代码:
import nibabel as nib
import numpy as np
import os
path = '/Users/arnavlohe/Desktop/ADNI_002_S_0782_MR_MP-RAGE_REPEAT_br_raw_20060814234209235_1_S17836_I20520_be_be_mixeltype.nii'
img = nib.load(path)
print(img)
这是生成的输出/图像数据:
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>
data shape (166, 256, 256)
affine:
[[ 1.20000184 0. 0. 113.7559967 ]
[ 0. 0.9375 0. 158.26870728]
[ 0. 0. 0.9375 418.0289917 ]
[ 0. 0. 0. 1. ]]
metadata:
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'
sizeof_hdr : 348
data_type :
db_name :
extents : 0
session_error : 0
regular : r
dim_info : 0
dim : [ 3 166 256 256 1 1 1 1]
intent_p1 : 0.0
intent_p2 : 0.0
intent_p3 : 0.0
intent_code : none
datatype : int32
bitpix : 32
slice_start : 0
pixdim : [1. 1.2000018 0.9375 0.9375 1. 0.
0.
0. ]
...
这是我能提供的所有信息,我很抱歉我的问题不再具体。