问题标签 [simpleitk]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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itk - 在哪里可以找到 SimpleITK 文档和参考信息?

我有兴趣尝试使用 SimpleITK 来解决我的成像问题。你能告诉我文档和培训材料在哪里吗?

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c# - SimpleITK 库中的 Getbuffer 方法,用于读取图像并输出另一个图像

这里那里,

我目前正在处理一个 C# 项目,我需要使用SimpleITK库创建一个片段,其中我的图像矩阵ArrayIn将与一个数字进行比较DoubleVar

然后,对于每个元素,如果 的值ArrayIn大于 DoubleVar 之一,则我的输出图像的相应元素ArrayOut将为 1。如果不是,则该元素将为 0。矩阵ArrayOut是二进制 Image ,带有 1 和 0。AArrayOut 的大小将与输入的大小相同。我需要使用该功能Getbufferasint16(),但我不能这样做。

以下代码是意图的一部分,但没有结果

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c# - 在图片框中显示 Simpleitk 图像

我想在 C# 程序中使用 simpleitk 读取 dicom 或 png 图像并将结果显示在图片框中。我知道图片框只允许“system.drawing.image”而不是itk。有没有办法做到这一点。她是我的代码:

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python - simpleITK 与 anaconda python

我正在尝试在我的 macbook 上安装 simpleITK,它上面运行着小牛。我已经安装了 Anaconda python。

当我尝试将 SimpleITK 导入为 sitk 时,出现以下错误

回溯(最后一次调用):文件“”,第 1 行,在文件“/Users/dagarshali/anaconda/lib/python2.7/site-packages/SimpleITK-0.8.0.post29-py2.7-macosx-10.5 -x86_64.egg/SimpleITK/ init.py”,第 1 行,从 .SimpleITK 导入 * 文件“/Users/dagarshali/anaconda/lib/python2.7/site-packages/SimpleITK-0.8.0.post29-py2.7-macosx-10.5-x86_64。 egg/SimpleITK/SimpleITK.py”,第 28 行,在 _SimpleITK = swig_import_helper() 文件“/Users/dagarshali/anaconda/lib/python2.7/site-packages/SimpleITK-0.8.0.post29-py2.7-macosx -10.5-x86_64.egg/SimpleITK/SimpleITK.py”,第 24 行,在 swig_import_helper _mod = imp.load_module('_SimpleITK', fp, pathname, description) ImportError: dlopen(/Users/dagarshali/anaconda/lib/python2. 7/site-packages/SimpleITK-0.8.0.post29-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg/SimpleITK/_SimpleITK.so,2):库未加载:libpng15.15.dylib 引用自:/Users/ dagarshali/anaconda/lib/python2.7/site-packages/SimpleITK-0.8.0.post29-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg/SimpleITK/_SimpleITK。所以原因:找不到图片

不知道如何解决这个问题。

有什么建议么?

最好的问候, 维什瓦

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c++ - Visual Studio 2008 中的 SimpleITK 链接

对于在 C++ 程序中使用 SimpleITK 的任何人来说,这是一个问题。

我已经下载了 SimpleITK 代码,并.sln按照 SimpleITK 指令(Superbuild)使用 CMake 生成了 VS2008 文件。

SimpleITK-build\lib\Debug我得到一些 SimpleITK 库,例如:SimpleITKCommon-0.8.lib. 在SimpleITK-build\ITK-build\lib\Debug我得到许多 ITK 库,例如:ITKCommon-4.5.lib

在代码中,我使用:#include "SimpleITK.h"

问题:我要链接到什么?

我可以一一添加到linker/input/additional dependencies所有 SimpleITK 库中。然后我得到unresolved external symbols了,因为我没有链接到 ITK 库(其中有 50 个)。我不敢相信我需要向其他依赖项添加 50-60 个库。

我在这里想念什么?找不到任何有关从 C++ 链接到 SimpleITK 的文档。

谢谢和欢呼

阿里

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c# - SimpleITK - 如何在图像中获得最大和最小强度?

我有一些 DICOM 图像。我想使用 重新缩放它们IntensityWindowingImageFilter,但首先,我需要知道最大和最小强度的初始值。

现在,我正在构建 WPF UI,我希望有一些滑块来允许用户交互式输入此操作的参数。但是,为了获得最佳的用户体验,我需要限制滑块上的比例以具有最大值和最小值,即图像强度的最大值和最小值。在 ITK 中,我可以使用MinimumMaximumImageCalculator,但在 SimpleITK 中似乎找不到它。

当然,我可以简单地使用Image.GetBufferAsXXX()并简单地遍历每个像素来找到这些值,但我几乎可以肯定这不是正确的方法。

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c# - 如何使用 SimpleElastix 作为新 C# 项目的参考?

我从https://github.com/kaspermarstal/SimpleElastix git clone SimpleElastix [1] 项目,并在我的 PC 上成功构建和编译它。在 CMAKE 中设置了 WRAP_CSHARP 选项。我想将此项目用作参考/框架,以使用 C# 实现新的医学图像配准 GUI。但是,我在编译的 SimpleElastix 解决方案中没有找到任何 .dll 文件。我还尝试通过 Visual Studio 从现有的 SimpleElastix 项目创建一个新的 C# 项目,新的解决方案无法成功构建。有人知道在哪里可以找到 SimpleElatix 的 .dll 文件吗?或者如何在新的 C# 项目中使用 SimpleElastix 作为参考/框架?

[1] SimpleElastix是一个基于ITK和SimpleITK的医学影像配准项目,兼容python、C#、Java等,文档如下:http: //simpleelastix.readthedocs.io/

最好的,思明

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python-2.7 - 如何在 python 中的 SimpleITK 中从二进制图像中提取标签

我想从使用以下代码获得的 2D 二进制图像中提取标签:

基本思想是在主图像中找到标签的平均强度、ROI面积和最小/最大索引。我想要做的是使用阈值过滤器对图像进行二值化,然后在其上运行 CCA 以获取所有标签。然后我使用LabelShapeStatisticsImageFilter()获取每个标签的物理属性(当然标签0除外)并检查标签是否满足条件。问题是我无法在标签所在的主图像中获得平均强度。这就是为什么我建议使用LabelIntensityStatisticsFilter,但是对于 python 2.7,SimpleITK 0.10 不可用。

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image - 如何在 SimpleITK 中实现模型到图像的配准?

我安装了 SimpleITK 用于医学图像配准。它非常适用于 3D CT/CT 和 3D CT/MRI 图像配准。现在我想实现模型/图像注册。模型是一个球体。在 ITK 中有空间对象,如 Box、Ellipse,可用于模型/图像配准。但我在 SimpleITK 中找不到这些对象。我应该从模型创建一个假图像并使用图像/图像配准来模拟模型/图像配准吗?

谢谢,

刘大卫

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python - SimpleITK 选择性地改变像素/切片

我已经在 SimpleITK 中加载了 CT 扫描。我想在 NumPy 中做一些非常简单的事情,但还没有弄清楚如何在 SimpleITK 中做这些事情。为了速度,我想在 SimpleITK 中完成它们。

SimpleITK image==100 将生成相同维度的二值图像,其中所有强度==100 为 1/True。这是所希望的。但不幸的是,我不相信 SimpleITK 支持布尔索引。实现这一目标的最有效方法是什么?

我想出了这个看起来很时髦的东西;但我希望找到这样做的预期方法/最佳实践方法: