我最近刚从 matlab 转到 python，所以我可以使用 simpleitk，如果这是一个愚蠢的问题，我很抱歉。

在使用 simpleitk 进行恶魔注册后，我有一个转换 tx。我希望通过执行以下操作来获得位移场及其倒数，

事实证明 disp_field 正是我所需要的 --- 256*256*176 的图像体积。但是 disp_field_inv 是一个空数组。有谁知道为什么？

然后我尝试了以下，

但是python就像永远一样运行。有谁知道如何正确地做到这一点？

我最近开始使用 SimpleITK 来修改一些 Dicom 图像。但是，我无法修改元数据。事实上，我什至无法访问它。

我知道感谢我在这里找到的脚本：https ://github.com/SimpleITK/SimpleITK/pull/262/files?diff= split 默认情况下不加载元数据，因为它减慢了进程。我也知道要加载元数据，我应该使用阅读器的以下方法：“.LoadPrivateTagsOn()”。

但是，每当我在图像对象上使用“.GetMetaDataKeys()”方法时，它都会返回一个空元组。我希望下面的代码能给我一些键，但它没有。

任何帮助是极大的赞赏！

编辑：看来我还需要在我的阅读器上运行“.MetaDataDictionaryArrayUpdateOn()”模块。但是，如果我尝试这样做，他总是告诉我“ImageSeriesReaderClass”没有这样的方法，即使文档中提到了它。有什么建议么？

我想使用 SimpleITK 或 wedpy 将 3d 图像转换为 2d 图像。或者我想得到一个三维矩阵，然后我把这个三维矩阵分成一些二维矩阵。

然后才得到它：155 240 240

但我想得到 [[1,5,2,3,1...],[54,1,3,5...],[5,8,9,6....]]

我想计算 2 个二进制对象之间的表面距离度量，也就是肝肿瘤的分割。我正在寻找计算：

• 平均对称表面距离
• 均方根对称距离
• 豪斯多夫距离（也称为最大对称距离）

我找到了两个可以帮助我计算这些指标的库，但是我得到的结果相互矛盾，所以我很困惑它们是如何工作的。

• SimpleITK：https ://itk.org/SimpleITKDoxygen/html/classitk_1_1simple_1_1SignedMaurerDistanceMapImageFilter.html https://itk.org/SimpleITKDoxygen/html/classitk_1_1simple_1_1HausdorffDistanceImageFilter.html
• MedPy： https ://github.com/loli/medpy/ 。文档

这是我的 Simple ITK 和 MedPy 代码。

1. 乍一看，我不认为 SimpleITK 计算 对称距离。该库中的那些有任何实现吗？我怎样才能获得它们？

2. MedPy 是一个可靠的库吗？我可以用它计算对称均方根吗？

3. 用于计算表面距离度量的库的其他建议？
4. 我应该计算 Mauerer 距离图的绝对值吗？我不确定它如何影响结果。 reference_distance_map = sitk.Abs(sitk.SignedMaurerDistanceMap(reference_segmentation, squaredDistance=False, useImageSpacing=True))

我正在使用 macOS Sierra 10.12.6，尝试安装 SimpleITK 的 SimpleElastix 扩展。我一直按照这里的说明进行操作。在我让它工作之后，结果发现这个扩展似乎只包含在我使用 Python 2.7 时的 SimpleITK 中，而不是当我使用 Python 3.6 时，因为当我尝试时

我得到错误

我找到了这个建议，但无法让它在我的 Mac 上运行。

感谢您的任何建议，

汤姆博士

我找不到有关此功能的任何 python 文档。

我尝试了以下代码，但输出绝对错误。

它给了我确切的reference_img，但不是转换后的图像。

你用过这个功能吗？你能帮我解决这个问题吗？

我想做多模态图像配准（mri/ct），但我没有完全对齐的图像，使用 simpleITK 获得的结果非常糟糕。即使我尝试调整它们，结果仍然非常糟糕。我能做些什么来解决这个问题？我的注册码如下：

我使用命令 conda install -c simpleitk simpleitk 在 anaconda 中安装了 simpleitk，然后按照链接https://github.com/SimpleITK/SimpleITKCondaRecipe来构建它，但它没有连接到 itk.org 来构建。将 SimpleITK 导入 jupyter 笔记本上的 sitk 工作，但 sitk.show() 不工作。此外，当我尝试遵循来自http://insightsoftwareconsortium.github.io/SimpleITK-Notebooks/Python_html/00_Setup.html的命令时，从 downloaddata 导入 fetch_data，fetch_data_all 不起作用。即使命令 fetch_data_all(os.path.join('..','Data'), os.path.join('..','Data','manifest.json')) 也不起作用。我对 simpleitk 很陌生，不知道它是否是由于构建未处理。请告诉我如何解决我的问题。我已经尝试了很多天，请帮助我。此外，如何将 imagej 作为 simpleitk 的默认设置。我知道很多问题，但如果能解决我会很高兴。

我正在使用 simpleITK (python) 执行图像配准 ImageRegistrationMethod.Execute()。目的是收集图像注册过程的一些统计信息（例如找出何时成功和何时失败），因此我ImageRegistrationMethod用不同的初始转换初始化实例，包括不会导致注册成功的那些。在执行时，simpleITK 有时会抛出异常，这很好，因为我可以捕捉到它。但有时我会在 stderr 中收到这样的警告

或这个

但注册继续进行。

问题是当注册完全顺利时，我如何区分（从 python）实例与带有警告的这种情况。一个简单而愚蠢的选择是监控标准错误，但也许有一些 ITK 功能来报告这些事件？

我正在使用 SimpleITK 读取 MetaImage 数据。

有时我只需要访问元数据（存储在 key=value .mhd 文件中），但我发现这样做的唯一方法是调用ReadImage它非常慢，因为它将整个数组加载到内存中。

有没有办法在不加载完整图像的情况下访问原点间距和方向？