问题标签 [simpleitk]

我已经注册了两个图像，假设固定和移动已注册。注册后我想测量重叠率等。

SimpleITK 具有重叠测量过滤器，并且要使用overlap_measures_filter.Execute(fixed,moving) 和hausdroff_measures_filter.Execute()，我们需要分割图像并且我们需要输入标签。但是仅使用阈值或连接组件过滤器很难分割图像。

现在的问题是，我们如何使用 SimpleITK 评估配准精度，仅使用固定图像和配准图像。（没有分割广告标记图像）

我对 3D 图像配准和分割有一些疑问：

1. 加载 dicom 图像：在 DCE-MRI 中有 4000 个切片，总共 100 个堆栈，因此每个堆栈有 40 个。如何使用 GDCM simpleITK 函数将它们加载到 4D 数组

2. 注册：注册非常简单，我们必须将所有 100 个堆栈注册到第一个堆栈。

3. 配准精度：SimpleITK 重叠率测量或 hausdroff 距离需要分割和标记。现在，对于所有类型的图像，使用区域增长或阈值分割并不容易。假设我只想以交互方式手动选择一个区域。有可能实现吗？然后我只想使用选择的掩码进行注册准确性评估。

4. 可视化和编写：需要使用 matplotlib 或 VTK 进行 3D 可视化。所有绘图功能都适用于 2d 切片，不需要再次在 2D 中可视化。使用 simpleITK write Image 函数写入 dicom 图像时，对于 dicom 图像，仅写入图像对象是行不通的。我们需要将 type 更改为 UInt32 ，但是图像会变得有损。它成功写入 .mha 格式，但 imageJ 无法显示。

如果可能，请分享您的想法。

我正在做一个关于脑肿瘤分割的项目。当我将 N4BiasCorrection 应用于我的文件（.mha）时，我使用了切片器和 simpleITK 方法。Slicer 性能很好但很耗时，因为我不知道如何使用代码来运行我的所有文件，我只是使用 Slicer-N4ITK 模块并手动处理每个文件。

然后我用python尝试了simpleITK，问题出现了。首先，它在每个 .mha 文件上运行非常慢，并且在应用 n4biasfieldcorrection 后得到一个非常大的文件（36.7MB 与使用 Slicer 的 4.4MB 相比）。其次，为了加快速度，我将 Shrink 参数设置为 4，但整个 .mha 文件变得非常模糊，使用切片器不会发生这种情况。

所以谁能告诉我这是否正常？有什么方法可以在不模糊我的文件的情况下加快速度吗？或者您能否告诉我一个在 Slicer python interactor 中应用 N4BiasFieldCorrection 的示例。

谢谢！！

我在 Ubuntu 上运行。调用 SimpleITK 的 Show 方法时，我无法在我的 FIJI (ImageJ2) 窗口中查看此类图像。

鉴于 FIJI 是一个可移植的应用程序，是否有必要执行更多过程才能正确链接 Show 方法？

提前致谢

我下载了 .egg 文件并尝试使用 easy_install 但它似乎不起作用。这是我得到的错误。

关于如何解决这个问题有什么建议吗？

我正在尝试使用 Simple ITK 旋转 3D 图像。这是我的代码： imagetoresize是原始图像。图像大小为 (512,512,149)

代码旋转图像，但中心移动。旋转后
的原始图像

有人可以向我解释为什么中心移动了吗？

任何帮助都感激不尽。

我不明白 sitk.ReadImage 是否可以读取图像列表？我没有找到一个示例来说明如何将图像列表输入到函数中。但在功能文档中它说：

因此，从文档看来，这是可能的。谁能给我一个简单的例子。

编辑：我尝试了以下方法：

但这是我得到的错误：

谢谢。

所以...我正在尝试在 Python 2.7.12 上安装 SimpleITK，我尝试了几种方法，但都没有给我满意的结果。

1）通过简单地使用

我得到“没有为 SimpleITK 找到匹配的发行版”（我的 pip 版本是 9.0.1）

2) tar 文件（可在此处获得：https ://sourceforge.net/projects/simpleitk/files/SimpleITK/1.0.0/Python/ ）：当我运行命令时

我得到：

我不明白缺少什么以及为什么我不能使用实用的方式（使用 pip）...... =（我也没有尝试过 Python 3（但我更愿意使用 Python 2.7，因为我更熟悉它）。

先感谢您！

编辑：终于开始工作了！

在这里：SimpleITK 的 sudo easy_install 并不那么容易

所以...我尝试了几种在 Python 上下载 SimpleITK（pip install）的方法，但它根本不起作用！（这里：SimpleITK python 2.7.12 安装问题）现在我正在使用easy_install，我得到这个错误：

显然，这是我不知道如何克服的某种认证问题。：/帮助

编辑：终于开始工作了！

和

在 sudo su 模式下

我又在这里提出了另一个关于 python 中 SimpleITK 的问题。我想绘制一个 .mhd 图像，但我不知道如何。我正在尝试这里描述的函数Reading *.mhd/*.raw format in python：

但它没有读取图像：

我也尝试过使用 scikit 图像...

但我也收到一条错误消息

即使使用 medpy

但我现在确实有 SimpleITK。我不明白发生了什么... =(