问题标签 [simpleitk]
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python - 我可以在 SimpleITK.Image 上使用 numpy 操作而不使用 GetArrayFromImage 进行转换吗
SimpleITK我可以这样做
或者我可以这样做，
但问题是，我想利用 SimpleITK.ResampleImageFilter` 的快速速度，因此我必须像这样使用它，
其实我希望有这样的方法，
上面的代码块看起来很紧凑，但是array_viewfromGetArrayViewFromImage是只读的。因此，有没有办法做到这一点？
numpy - 按 ndarray 的值对索引进行采样的更快解决方案
我有一些相当大的数组要处理。通过大描述它们，我的意思是像 (514, 514, 374). 我想根据其像素值随机获取索引。例如，我需要一个像素值等于 1 的 3-d 索引。所以，我列出了所有的可能性
这很完美，除了它运行得非常慢，到了无法忍受的程度，因为数组太大了。所以我的问题是有没有更好的方法来做到这一点？如果我可以输入一个像素值列表，然后我会得到一个相应索引的列表，那就更好了。例如，我想对这些像素值的索引进行采样[0, 1, 2]，并返回索引列表[[1,2,3], [53, 215, 11], [223, 42, 113]]
由于我正在处理医学图像，SimpleITK因此也欢迎使用解决方案。所以请随时发表您的意见，谢谢。
c++ - SimpleITK 在 C++ 中找不到 ITK 函数
我已经根据本教程https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/Documentation/docs/source/building.html#building-simpleitk安装了 simpleITK 库。为此，我使用了 SuperBuild 部分，基本上是以下命令：
我在 UBUNTU 16.04 上使用 qt creator 作为这个项目的 IDE。我还包含了 ITK（ITK-prefix）和 SimpleITK（SimpleITK-Build）的包含路径。我还包含了与包含文件相关的库，但是我的编译器返回了“未定义的引用”，这些函数位于 ITK 部分（GaussianSource 和 Image）中（在问题的最后，我放置了消息）。
那么，我缺少什么？
这是我的.pro：
这是我的代码：
这是错误消息：
谢谢。
image-processing - 填充 3D 体积中的孔
我正在尝试找到可以填充体积内的小空腔以及像管子一样穿过体积的孔的库。我曾尝试过SimpleITK，但没有取得任何成功。我在那里尝试了所有的灰度形态学操作，但这些漏洞并没有被填满。我想知道这个问题的解决方案。
过滤器是使用默认参数以这种方式创建的，然后应用于输入图像。
谢谢并恭祝安康
瓦布哈夫
python - 使用 SimpleITK 执行 3D 共定位和距离测量
我正在尝试使用 python-simpleitk 处理一些相当大的（~150MB）3 通道 3D 图像。我需要确定红色通道中的对象是否与绿色通道中的对象重叠，并确定它们与蓝色通道中的对象的距离。
我在 simpleitk 文档中没有找到任何关于共定位的信息，所以我一直在尝试使用 numpy 来提取坐标并确定有多少体素重叠。我还没有找到任何特定的边到边距离测量方法。
然而，正如预期的那样，numpy 版本需要相当长的时间，我宁愿为此使用 simpleitk（我也研究过常规的 itk，但它会导致转换为 ndarrays 的问题）。
我想知道是否有人有幸使用这些工具执行这种类型的图像处理。或者可以提出改进建议。
到目前为止，这是我的代码。
qt - 如何将 cmake 转换为 qmake？
我在 Cmake 中相当新，我正在使用它与 Qt Creator 一起运行 SimpleITK，但我需要将我用 SimpleITK 编写的代码插入到另一个已经使用 qmake 运行的代码中。因此我必须转换它。这是cmakelist：
重要的是要说 SimpleITK 需要一些 ITK 库，所以我已经尝试包含 ITK 和 SimpleITK 的所有 .lib 文件，但我有大量的“未定义的引用 ...”返回由编译器。这是我的.pro：
那么如何解决这个问题呢？
谢谢。
simpleitk - Simpleitk：我可以在一个步骤中为多个图像使用单个标签吗？
我有一个标签，我想申请 4 个共同注册的图像，以获得每个标签的平均值。目前，我必须编写 4 次代码。
我目前的代码是
entropy - 将生病标签提取为 Numpy 数组？
我有一个适用于 4 个不同图像卷的单一坐标签。我知道标签上的简单统计可以通过sitk 完成。但是，我需要计算每个图像体积的标签内的熵和峰度。
有没有办法从每个不同的图像中提取标签数据到一个 Numpy 数组中，然后我可以做这个分析？
python - 将 3D DICOM 卷读入 Python 会给出“sitk::ERROR：该系列中的文件具有不受支持的 3 个维度”
我在 CentOS 7 上的 Anaconda Spyder 上的 Python 3.7.3 上使用 SimpleITK。我还安装了 Aliza 并尝试将样本卷 /usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/PS_0.dcm 读入 Python 进行处理它与 numpy. 但是下面的 Python 代码。
结果是
我可以读取一系列 2D 图像，这些图像可以堆叠到一个卷中，但并非所有 DICOM 卷都以这种方式出现
python - sitk.LabelIntensityStatisticsImageFilter 不工作
我正在尝试使用 sitk.LabelIntensityStatisticsImageFilter 来计算图像中标签的一阶统计信息。
我的代码是
我收到此错误：
显然这个模块是从 C/C++ 中的 itk 借来的？我该如何解决？
我还想计算在 simpleITK 中找不到的熵。有任何想法吗？