image-processing - 填充 3D 体积中的孔

Question

我正在尝试找到可以填充体积内的小空腔以及像管子一样穿过体积的孔的库。我曾尝试过SimpleITK，但没有取得任何成功。我在那里尝试了所有的灰度形态学操作，但这些漏洞并没有被填满。我想知道这个问题的解决方案。

import SimpleITK as sitk
image = sitk.ReadImage("volume.mha")
filt_1 = sitk.GrayscaleFillholeImageFilter()
filt_2 = sitk.GrayscaleMorphologicalClosingImageFilter()
output_1 = filt_1.Execute(image)
output_2 = filt_2.Execute(image)

过滤器是使用默认参数以这种方式创建的，然后应用于输入图像。

谢谢并恭祝安康

瓦布哈夫

Answer 1

然而，有点晚了，这个答案可以用于处理同样问题的人：

import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("volume.mha")
#be sure that you have a binary or grayscale image
binary_image = sitk.BinaryThreshold(image, 0.5, 1, 1, 0)
dims = segmentation.GetDimension()
# then apply a fillhole algorithm
filledMask = sitk.BinaryFillhole(segmentation)
# since the method before perfoms a dilation, try a erosion afterwards
erodedMask  = sitk.BinaryErode(filledMask, [3]*dims)