问题标签 [simpleitk]

这不是重复的，请花几秒钟阅读我的问题，我会很高兴。

我目前正在使用来自simpleITK 注册的 RegistrationMethodClass 。由于固定图像中有很多噪声（然后可以选择作为度量中的比较点，从固定图像中选择点），我想尝试以相反的方式注册，使用干净的掩码图像作为固定图像，然后使用变换类中的 GetInverseTransform方法将返回的变换的逆应用于这个相同的掩码。

有点像：

但是，当我遇到这一行时，我得到了错误：

AttributeError: 'Transform' object has no attribute 'GetInverseTransform'

搜索了一段时间，但似乎没有任何东西说它已被弃用或被其他东西取代。那里没有多少 simpleITK 用户，除了他们的官方文档之外可以找到很少的文档，上面说我可以使用 GetInverseTransform..

你们中有人知道为什么会发生这种情况吗/什么是获得逆转换的好选择/替代？我一直认为它可能与“简单”包装器有关，或者它是我链接的 c 文档的 python 绑定，但也找不到任何东西。

任何帮助表示赞赏，祝您有美好的一天！

我正在尝试根据 CSV 文件中给出的坐标从 CT 图像中提取结节斑块。我在世界坐标行不断收到此错误消息：无法将字符串转换为浮点数（CordZ）。我不太确定该怎么做。

到目前为止我有这个：

我正在尝试从 3D 数组中获取图像并将其转换为 TIF 3D。我正在使用简单的 ITK，但它不起作用。我收到此错误消息：'在方法'WriteImage'中，'itk::simple::Image const &'类型的参数 1

这是我的代码：

-------------------- 稍后编辑 ----------------------------

我尝试使用“GetImageFromArray”，它似乎可以工作，因为我保持相同的大小，最后我尝试保存但出现错误：

“itk::ERROR: TIFFImageIO(0x43e8740): TIFF 支持 unsigned/signed char、unsigned/signed short 和 float”

这是我的代码：

我正在处理 3D MR 图像数据。为了计算直方图，我从 sitk.Image 转换为维度为 3 的 numpy 数组。虽然我能够使用 matplotlib 显示每个轴向切片，但 numpy 数组在所有三个维度中都是完全空的。有人可以解释发生了什么吗？

输出：

笔记：

• myshow.py ( https://github.com/InsightSoftwareConsortium/SimpleITK-Notebooks/blob/master/Python/myshow.py )

• myshow.py 使用 matplotlib 可视化一片 img

• MR 图像数据采用 hdr/img（分析）格式。

编辑注意：这个问题最初被表述为

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1，我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是，ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。ImageJ 生成以下错误消息。

文件格式不受支持，阅读器

插件不可用，或未找到。

root/local/linux/ImageJ/open("/temp/TempFile-7131-2.nii");

root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");

我已经为 ImageJ 安装了适当的插件来读取 hdr/img（分析格式）。我可以通过转到文件>打开直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”

调试消息：

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./ImageJ, /cis/home/vwang/bin/ImageJ, ~/bin/ImageJ, /opt/ImageJ, /usr/local/ImageJ ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]

结果：/usr/local/bin/ImageJ

显示命令：'/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); 重命名（“样本”）；'

插件：

• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/analyze.html
• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

  ---

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

我已经下载了 ImageJ，我可以通过直接运行 ImageJ 来查看图像。过去曾提出并回答了类似的问题（Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI），但解决方案是针对 Windows 操作系统的。什么是unix等价物

我的python代码：

错误信息：

如何在 python 中使用 Simple ITK 从 3D 蒙版中捕获边界框？ITK 有边界框功能，但我在 SITK 中找不到类似的功能。

我正在尝试将以下示例作为SimpleElastix库的一部分运行：

当我尝试运行上述代码时，出现以下错误（我正在显示部分输出）：

我该如何解决这个问题？

编辑：根据@Dženan 的回答，我得到以下信息：

谢谢。

我正在尝试使用 ConnectedThresholdImageFilter 类来分割二进制图像（'slice87.jpg'）的“C”外观白色区域。这个想法是选择一个位于该区域内的种子值，并且只添加强度也为 255（在阈值 254 和 256 之间）的相邻像素。

但是，我的代码会生成一个每个像素都设置为 0 的图像：

而不是这个（通过photoshop手动编辑）：

我的种子值为 (x,y) = (115,35)。img.GetPixel(115,35)返回 255。

我正在尝试从西门子的剂量报告中提取 dicom PixelData，但它只包含零。使用 GE 剂量报告，我可以轻松地使用 pydicom 或 simpleITK 读取数据。为什么西门子报告只包含零的任何想法？

谢谢！

走到这一步，人物却一团糟，我不知道还能做什么。

剂量图像

我的 Python 代码是：

我收到此错误：

回溯（最近一次通话最后）：

文件“/home/faps/PycharmProjects/Rigid Registration/code.py”，第 5 行，在 <'module> sitk.Show(resultImage, 'test', debugOn=True)

文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/SimpleITK-1.0.1rc1.dev333+gabf92-py2.7-linux-x86_64.egg/SimpleITK/SimpleITK.py”，第 7741 行，在 Show return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)

RuntimeError：SimpleITK 显示中引发异常：/media/faps/ECF664A5F664722E/SimpleElastix/Code/IO/src/sitkShow.cxx:515：sitk::ERROR：管理子进程时出错：[没有这样的文件或目录]

我正在使用 Pycharm 开发 Ubuntu 16.04。

我在这个地址有 ImageJ：/media/faps/ECF664A5F664722E

这条线sitk.Show(...正在引发这个错误。有人可以告诉我这个错误是什么意思以及我该如何解决它？