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编辑注意：这个问题最初被表述为

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1，我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是，ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。ImageJ 生成以下错误消息。

文件格式不受支持，阅读器

插件不可用，或未找到。

root/local/linux/ImageJ/open("/temp/TempFile-7131-2.nii");

root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");

我已经为 ImageJ 安装了适当的插件来读取 hdr/img（分析格式）。我可以通过转到文件>打开直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”

调试消息：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./ImageJ, /cis/home/vwang/bin/ImageJ, ~/bin/ImageJ, /opt/ImageJ, /usr/local/ImageJ ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]

结果：/usr/local/bin/ImageJ

显示命令：'/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); 重命名（“样本”）；'

插件：

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

我已经下载了 ImageJ，我可以通过直接运行 ImageJ 来查看图像。过去曾提出并回答了类似的问题（Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI），但解决方案是针对 Windows 操作系统的。什么是unix等价物

setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe

我的python代码：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')

错误信息：

    return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: 
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]
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在 Ubuntu 上，我遇到了完全相同的问题，这是解决方案：

  1. 下载http://imagej.net/Fiji
  2. 将斐济解压到主目录，~/Fiji.app
  3. 将此文件夹添加到您的 PATH

fiji 将包含显示 mri 文件所需的所有插件，例如 nifti 和 mha

于 2017-09-29T14:24:08.567 回答
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SimpleITK 无法找到 ImageJ。尝试将 debugOn=True 参数添加到 Show 命令。这将向您显示它用于尝试查找 ImageJ 的搜索路径。

因此，您的 Show 将如下所示：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

在 Linux 系统上，SimpleITK 搜索以下选项的路径：Fiji.app/ImageJ-linux64、Fiji.app/ImageJ-linux32、ImageJ/imagej、ImageJ 和 imagej。

如果您的 ImageJ 可执行文件被命名为其他名称，SimpleITK 将找不到它。我建议使用软链接以使其可查找，或使用 SITK_SHOW_COMMAND 环境变量。

更新：找不到 ImageJ 是您最初的问题。我不确定您的更新，但是设置了 debugOn 标志后，您可以看到 SimpleITK 用于尝试启动 ImageJ 的实际命令行。

于 2017-08-17T14:17:51.823 回答