问题标签 [elastix-itk]

我正在尝试使用 iTk 和 elastix 编写自己的注册方法，我在 iTk 方面确实有一些经验，但我刚刚开始使用它的扩展名为 Elastix。

我想在 elastix 中使用 CMAES 优化器来为刚性配准找到平移和旋转的优化值，但我不知道如何在 elastix 中使用 CMAES，它需要一个名为 TElastix 的类模板，我不知道这是什么和我应该如何定义它，那么有没有人有弹性的经验？或者有人可以给我一些示例代码，看看如何使用 elastix 源代码？

提前致谢

我的 Python 代码是：

我收到此错误：

回溯（最近一次通话最后）：

文件“/home/faps/PycharmProjects/Rigid Registration/code.py”，第 5 行，在 <'module> sitk.Show(resultImage, 'test', debugOn=True)

文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/SimpleITK-1.0.1rc1.dev333+gabf92-py2.7-linux-x86_64.egg/SimpleITK/SimpleITK.py”，第 7741 行，在 Show return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)

RuntimeError：SimpleITK 显示中引发异常：/media/faps/ECF664A5F664722E/SimpleElastix/Code/IO/src/sitkShow.cxx:515：sitk::ERROR：管理子进程时出错：[没有这样的文件或目录]

我正在使用 Pycharm 开发 Ubuntu 16.04。

我在这个地址有 ImageJ：/media/faps/ECF664A5F664722E

这条线sitk.Show(...正在引发这个错误。有人可以告诉我这个错误是什么意思以及我该如何解决它？

我有一个elastix server4，但我有一个大问题。我不知道如何找到挂断电话的人（代理或客户）。

如何确定客户或代理是否挂断？

我正在尝试注册两个 3d 卷。可以在这里找到一个尝试。代码首先生成两个不同的体积，都包含一个半径为 4 的球体。然后我尝试使用默认的平移参数映射来对齐它们。但是，从最后一行中可以看出（如果在本地运行，则从图中可以看出），结果体积与固定体积根本不对齐。当尝试相同的过程时，这次在 2d 中，生成的图像确实似乎与固定图像正确对齐，如此处所示。我是否错误地使用了 SimpleElastix API？我查看了 SimpleElastix 的 Github 存储库，但找不到任何 3d 图像配准的示例（至少不使用 Python 中生成的卷，然后将它们转换为 ITK 图像）。

来自 3d 示例的代码：

二维示例中的代码：

我正在尝试在 Ubuntu 计算机上为 Python2 或 3 安装 SimpleElastix/SimpleITK，无论我们可以开始工作。使用 pip install 不起作用，因为那时不导入各种方法（例如，不存在“GetDefaultParameterMethod”）。我尝试按照他们网站上的说明进行操作（https://simpleelastix.readthedocs.io/GettingStarted.html#compiling-on-linux），但即使在整个过程中没有抛出任何错误，我仍然无法导入。对于 Python3，会弹出典型的“无模块”错误，但对于 Python2，我得到以下信息：

任何帮助将不胜感激 ：）

我正在使用SimpleElastix执行图像配准。我正在尝试将不同的图像（又名移动图像）与同一个模板（固定图像）对齐。最慢的部分之一是Preparation of the image pyramids. 我怎样才能加快速度？

我在想，如果我只能为固定图像计算一次金字塔并在之后重用它们，那会节省一些时间，但我不知道该怎么做。

似乎有人在 GitHub 上报告了此问题，但我仍然找不到明确的解决方案 - 在 Windows 上安装 python 模块的最后一步中，在“”下没有名为“/Wrapping/Python/Packaging”的文件夹SimpleITK-build”，其中没有名为“setup.py”的文件。人们指出，这可能是来自不正确的 Python 路径的问题。我尝试将Anaconda下的Python Path添加到系统中，以便可以通过cmd访问，但是并没有解决问题。然后我卸载了Anaconda，重新安装了一个单独的Python并将Python Path添加到系统中，它也没有解决问题。有人可以分享一些如何解决这个问题的经验吗？我会很感激你的帮助。

菱花

下面是 CMakeCacheInit 文件：

我正在寻求有关 simpleITK 的帮助，我正在使用 NII 文件来计算变形场。我使用 Python 和 simpleITK（simpleitk 1.2.0rc2.dev1167+gd4cf2）。我可以轻松注册我的图像或卷，但我无法获得变形场！

当我在控制台中打印它时，simpleITK 告诉我该向量是预测的图像，但是当我尝试使用作为 sitk 成员函数的“WriteImage”保存它时，写入的图像充满了空值

用于执行此操作的代码：

我也尝试设置 transformixImageFilter 的输出目录，但也没有成功。我真的不明白这里发生了什么......有没有人有解决方案或同样的问题？我已经阅读了一些相关主题，但没有任何成功

我必须尝试在 Windows 10 上安装 SimpleITK Elastix。我有工具链（Windows 10、Anaconda3、python 3.7、MSVS 2019、Cmake 3.7、git）和源代码（SimpleITK v1.2、SimpleElastix KIT）。它可以完成所有步骤，但是在run python setup install我打开 python 解释器 shell 以列出 SimpleITK 包打印 (dir(istk)) 的模块之后，模块 'Elastix'、'ElastixImageFilter'、'ElastixImageFilter_swigregister' 没有列出。我已经在 Ubuntu 18.04 上尝试过，我已经得到了它。我已经尝试过为什么相同的过程在 Ubuntu 18.04 而不是在 Windows 10 上工作，但我没有看到差异。我需要在 Windows 10 上使用 SimpleElastix 套件，我列出了包的位置，结果是

我可以看到包“C:\Users\usuario\Anaconda3\lib\site-packages\simpleitk-1.2.0rc2.dev1167+gd4cf2-py3.7-win-amd64.egg”。我认为 Elastix 模块在文件系统中，但 python 无法加载它们。

你能帮我吗？提前致谢。PD：我正在尝试安装这个库一周:(

我正在使用 SimpleElastix ( https://simpleelastix.github.io/ ) 进行两个 2D 图像的注册 (仿射) (见附件) 。为此，我正在使用此代码：

后者执行后，我获得以下包含变换矩阵的 TransformParameters0.txt ：

我的目标是使用这种矩阵变换来注册浮动图像并获得与 SimpleElastix 获得的类似的注册图像。为此，我正在使用这个小脚本：

我获得了这个注册图像，我将它与 SimpleElastix 的结果进行了比较（见附图）。我们可以观察到缩放没有操作，平移有问题。我想知道我是否遗漏了转换矩阵中的某些内容，因为 SimpleElastix 提供了良好的配准结果。

有任何想法吗 ？

谢谢