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simpleitk - 在sitk.ReadImage()中应该如何使用参数？

我正在python（Windows）中的.nii文件中进行N4偏差校正。为此，我正在使用SimpleITK。在输入图像时，我在读取文件时遇到问题。

代码 ：

错误 ：

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dicom - 对齐两个 Dicom 系列

我对 CT 图像世界完全陌生。所以提前谢谢你我有两个同一个病人的dicom系列。对于这两个系列，第一个切片信息是

. 我想在系列 1 上重叠系列 2。

但是要重叠，根据我的理解，它们必须共享相同的坐标。像素间距和文件数量也存在差异。所以我的问题是：

  • 如何重叠两个系列？

  • 如何匹配指数。因为两个系列都有不同数量的切片。例如，在系列 1 中，切片索引为 220 或 Z 值为 -976，如何获取系列 1 的特定切片的 Z 值或系列 2 中的索引？

我正在使用 pydicom python 包。任何示例代码或处理此问题的想法都会很棒:)

编辑：我正在使用的 sitk.resample 代码

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python - SimpleITK 有广播吗？

如果我想将 3D 体积平面与 2D 切片相乘，numpy我可以使用广播：

如果我尝试类似的东西，SimpleITK我会得到一个错误

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python - 图像大小调整和空间改变之间的区别

我当前的图像大小为 (240, 240, 155)，体素间距为 (1, 1, 1)。我的最终图像应该是 (128, 128, 128)，体素间距为 (1.5, 1.5, 1.5)。有没有办法理解这种用体素间距调整大小的现象？我尝试了以下方法，但对我来说还不够满意。

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c++ - SimpleElastix 构建错误 windows 10 Visual Studio 2017

在 window10 simpleelastix 库 ( https://simpleelastix.readthedocs.io/GettingStarted.html ) 上编译时出现错误。

可以使用 CMake 步骤（使用 Visual Studio 15 2017 x64 编译，但是当我在 Visual Studio 上构建时，我遇到了这个问题：

**

确定 C 编译器是否工作失败，输出如下： Change Dir: C:/Users/gup/Dev/se/bin_7/Lua-prefix/src/Lua-build/CMakeFiles/CMakeTmp Run Build Command(s):C: /Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio/2017/Community/MSBuild/15.0/Bin/MSBuild.exe cmTC_633ea.vcxproj /p:Configuration=Debug /p:Platform=Win32 /p:VisualStudioVersion=15.0 /v:m Microsoft (R) Build Engine 版本 15.9.21+g9802d43bc3 为 .NET Framework 版权所有 (C) Microsoft Corporation。Tous droits réservés。
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**

我试图为 LUA 构建 SimpleElastix。

配置：Visual、python、windows 10 是 x64

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matplotlib - 阈值 Otsu：AttributeError：“AxesSubplot”对象没有属性“ravel”

我加载了漂亮的文件（这些文件也是从 .pack CT 扫描转换而来的）。我的目标是使用阈值 otsu 算法从背景中屏蔽它并比较两个图像。当我尝试绘图时，我得到了错误

下面是代码，并附上截图。

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python-3.x - convert the image to rgb so that i can visualize the image

I am trying to segment an image but not able to apply to rescale intensity to the image

I have tried to reshape the image and apply the rescaleintensity but was not able to get it

> error:

TypeError Traceback (most recent call last) in () 3 4 ----> 5 img_T1_255 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img_T1), sitk.sitkUInt8)

~\Anaconda3\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py in RescaleIntensity(image1, outputMinimum, outputMaximum) 59087 59088 """

59089 return _SimpleITK.RescaleIntensity(image1, outputMinimum, outputMaximum) 59090 class RichardsonLucyDeconvolutionImageFilter(ImageFilter_2): 59091 """

TypeError: in method 'RescaleIntensity', argument 1 of type 'itk::simple::Image const &'

i expect that result like i can apply the rescale intensity

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python - SimpleITK 中从 3D 数组构建 2D RGB 图像

我有一个 3D 数组格式的 RGB 图像，形状为（m，n，3）。我想创建一个 SimpleITK 图像。使用GetImageFromArray()函数会导致创建 3D 图像，这不是我想要的。如何改为创建 2D RGB 图像？

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python-3.x - Python 中的 SimpleITK.ImageFileWriter 没有方法“SetImageIO”，但 C++ 文档说它有

我正在使用 SimpleITK for Python，并使用 NumPy 创建了一个空图像，如下所示：

然后，当我尝试将图像写入 NIFTI 格式的文件时，它抱怨它在 ImageFileWriter 对象上找不到方法“SetImageIO”。

错误：

有人知道这是为什么吗？C++ 文档清楚地提到了 ImageFileWriter 的方法“SetImageIO”。

谢谢，拉尔夫

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python-3.x - 如何调整 .mhd 文件的查看窗口以更好地查看医学图像？

我为医学图像加载了一些 .mdh 和 .raw 文件，但有一件事困扰着我。我知道在 .dicom 文件中，您可以使用 rescale.slope 和 rescale.intercept 将像素强度转换为 HU，而 .mhd 文件无法包含这些。因此，我想知道如何从 .mdh 和 .raw 文件中更好地查看我的图像数据。这是我生成的图像，这是我想要完成的图像。
在这里，我从数据中加载一个切片，并绘制每个“像素”值的直方图（不确定是否称它们为像素或体素）。
虽然我确实想到了简单地重置具有最小值的像素，但我真的很想听听有经验的同行是否有更复杂的方法来实现这一点。

我已经把我所有的图片都上传到了github，因为我还没有上传图片的权限，所以请随意点击。

非常感谢！


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