我有一个大脑 MRI，其中包含来自这个角度的切片：
我正在使用名为Flirt的大脑 MRI注册工具。该代码也可用于Python
我尝试使用取自另一位患者且角度不同的脑部 MRI 作为参考 MRI。这是从这个 MRI 中截取的切片（所有文件都是 nifti 格式）：
而现在，奇迹发生了。将第一个 MRI 作为配准工具的输入，将最后一个 MRI 作为参考 MRI
结果是配准工具 (Flirt) 的输出是 MRI，其中切片具有以下角度：
因此，配准工具似乎从输入 MRI 中提取了参考 MRI 的角度。这难以置信。这怎么可能 ？
您使用什么包装器来转换 dicom 图像？dcm2niix 包装器将自动应用转换以正确定位它。调情是一个强大的工具，可以很好地注册。许多预处理管道（例如 fmriprep）已经在使用它。我对它如何解释图像的倾斜很感兴趣。查看此处的使用页面https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide它看不到任何关于角度的内容。我想知道它是否只是覆盖了 MNI 模板上每个体素的激活。首先定位 nifti 图像然后再次运行它是一个很好的测试。
您可以为无方向和有方向的图像创建一个蒙版，然后将其通过并使用分割程序检查特定 ROI 中的体素计数，以查看两个蒙版是否相同。
我有兴趣看看你发现了什么！