问题标签 [ggtree]

我facet_plot()用来在树的尖端旁边添加一个带有特征值的条形图。我需要有条形图的图例，但在文档或类似问题中找不到如何做到这一点。这似乎facet_plot()使这有点棘手。

这是我的代码：

我尝试添加+ guides(fill = guide_legend())or + scale_fill_discrete()，但无济于事。

如何将图例添加到 Trait facet？（而且，延伸到任何其他方面？）

我正在使用以下代码创建缠结图：

我想要做的是根据节点的位置为线条着色。换句话说，如果线是直的，即它们在两棵树中的位置相同，则颜色应为 x，而如果它们已更改，则应为 y。

像这样的东西：

获得一个传说来解释颜色也很好。

我想phylogenetic tree用bootstrap分数注释 a 并为某些cladesin添加颜色ggtree。当我尝试同时执行这两种操作时出现问题，这与内部节点的索引有关。

这是一棵随机树24 tips：

以下标识了我要为其分配不同颜色的节点：

这些是我想用来注释树的分数​​：

在以下两棵树中，引导分数不会显示在相同的节点上：

在没有颜色的树中，引导分数已分配给正确的节点。是颜色不正确的树。我究竟做错了什么？

我正在运行一个MacOS Mojave R Studio Version 1.2.1335。我正在尝试更改通过文件phylogenetic上传到的树上的提示标签的颜色。我有一个单独的文件，其中所有物种名称的格式与文件完全相同。在物种名称旁边的列中，我有一个“是”或“否”。物种名称列称为 Tree_name，另一列称为“拥有”。我希望旁边有“否”的物种涂成红色，而其他物种涂成黑色。我是新来使用plot 。任何帮助将不胜感激！RnexusCSVnexusCSVRphylogenies

我曾尝试使用点做类似的事情，但不断出现此错误

替换的长度为零

这是我尝试过的代码：

我在系统谱的分支中添加了一些特征，并将分支宽度缩放到它们的值：

特别是如果特征值的范围很大，分支宽度需要能够反映这一点。如何指定分支的最大宽度？

当使用 groupClade 或 groupOTU 按树文件中的任何参数对进化枝进行分组时，如何选择绘图时显示的颜色？

我想从输入的单倍型数据生成无根的邻居加入树，然后根据变量为树的分支着色。我正在使用包 Ape 和 ggtree。单倍型和协变量（元数据）位于两个具有匹配样本名称的单独文件中。我已经能够生成树木并通过变量为树木的尖端着色，但不能通过树枝。

使用模拟数据 -

我可以在 Ape 中绘制树：

我可以在 ggtree 中绘制树，通过颜色/形状向尖端添加变量：

但是我无法弄清楚如何在 Ape 或 ggtree 中使分支由变量（而不是尖端）着色。我只想要终端分支的颜色，而不是树的所有线条。我的目标是显示两个（分类）变量 - 一个按分支颜色，一个按尖端的形状（或颜色）。我所追求的粗略版本如下图所示（Factor_A 由尖端形状编码（中性色如图所示），Factor_B 由分支颜色编码。

在此先感谢您的帮助。

我在用 ggtree 标记树中的单个提示时遇到问题。我正在尝试使用 geom_hilight 和 geom_cladelabel 从树中突出显示和标记节点。这似乎适用于具有超过 1 个树尖的节点，但是当我尝试标记单个提示时，我收到一条警告消息并且该提示没有被标记。

例子：

如您所见，我可以使用 geom_hilight 突出显示节点 38 和 3。我还将节点 38 标记为带有 geom_cladelabel 的文本“Clade 2”。

但是，当我尝试使用 geom_cladelabel 标记节点 3 时，我收到一条警告消息：

由于某种原因，进化枝标签中的线最终覆盖了整个树：

有没有一种方法可以以与 clade_geomlabel 对常规节点相同的方式标记单个尖端？

任何帮助表示赞赏。

我正在尝试使用read.codeml_mlc functiontreeio 包中的 mlc 文件（CODEML 程序的输出），如下所示：

但是，我收到以下错误：

strsplit(., split = "[[:space:]]") 中的错误：非字符参数

有谁知道可能出了什么问题？这是来自自由比率分支模型的 PAML 的普通 mlc 输出，我没有修改或更改它。但是，该错误似乎与我的文件有关，因为我已尝试运行教程中的示例（读取随包提供的 mlc 文件）并且工作正常。

换一种说法：strsplit读取 mlc 文件时该函数从何而来，它究竟指的是文件的哪一部分？也许知道这将有助于解决我的问题。

提前感谢您提供的任何帮助！

我正在尝试从一个hclust对象中绘制一个树状图，ggtree但我不断收到相同的错误消息：

我一直在广泛寻找解决方案，但没有找到。此外，我了解到它ggtree 确实支持 hclust对象，这让我更加困惑。从这里：

ggtree 包支持 R 社区中定义的大多数层次聚类对象，包括和hclust以及dendrogram以及cluster包中定义的对象。agnesdianatwins

我从上面的链接中借用了一个可重现的示例：

这又给了我上述错误。如果我rlang::last_error()用来获取一些上下文，我会得到：

如果我使用 rlang::last_trace() 来获取更多信息：

但我真的可以看出什么是错的......