问题标签 [ggtree]

我想在热图 ggtree 上设置 x 轴。

这是我的代码

，我得到了这张图片 问题是当我显示热图时，x轴自动将范围本身从0更改为60。但是，我想要的范围是从0到80。

有谁知道如何做到这一点或对此有任何经验？

我正在尝试在每个树尖的末端创建一个带有堆叠条形图的圆形系统发育。以下是我微弱尝试的一些示例代码和数据。我可以创建圆形系统发育以及堆积条形图，但我似乎无法将树尖链接到条形图中的 x 轴。

我发现这个网站上的一些代码很有用，但我仍然无法正确地将它们拼凑在一起：https ://www.r-graph-gallery.com/299-circular-stacked-barplot.html

我添加了更详细的示例数据：

我需要帮助才能将一些列添加到 treedata 对象列表的列表中，如下所示：。（你可以在帖子末尾找到数据）

[上下文]

如您所见，示例数据只有一张表可供访问as_tibble(The_dataframe[[1]][[1]])

[问题]：

• 是否有人有代码的想法，以便添加一个新列，例如 Newcol 填充 30，但当然要保留 treedata 类的列表？到目前为止我试过 as_tibble(The_dataframe[[1]][[1]])$"new_col"<-30

但我收到错误消息：

[预期行为]：

通过点击The_dataframe我应该得到以下输出：

[输出数据]

我试图想象我的ggtree，我似乎被困在最后一步；将树标签从水平重新定位到垂直，使它们不重叠。如果我更改 geom_tiplab 函数上的 geom = "text"，我会得到我想要的，但我的标签不再是彩色的。这里和这里的数据集

这是可重复性的代码；请帮忙

给定一棵树，其提示标签按组着色，例如：

图例将包含a而不是所需的正方形。ggplot2文档说使用“override.aes”来覆盖这种行为：

这不起作用。最重要的作品，我可以改变大小，颜色，删除a但最重要的是我不能使用不同的形状（在这种情况下是正方形）。

较新版本的 ggplot2 可以key_glyph选择，但是在使用geom_tiplab.

另一个奇怪的行为是，在使用 时geom_tipppoint，覆盖图例有效。值得注意的是，上述策略以前可以删除a，但是在最新的 R/ggplot2/ggtree 中，上述策略不起作用。这与最新版本有关，ggtree与旧版本无关。

关于如何覆盖geom_tiplab()图例形状的任何建议？

我的环境：

我正在尝试ggtree使用以下代码减少树的分支长度：

但它不起作用。如何调节分枝长度？我设法制作了这张照片。

你能帮忙吗？

理想情况下，我需要一棵树，如附图所示。

我试图在我的系统发育树中添加一个热图。热图的范围应为 0 到 100，而不是仅涵盖值的最小值和最大值。我可以重置热图的范围吗？

谢谢。

我正在尝试使用 ggtree 进行绘图 - 但是当我尝试将尖端和分支都着色时遇到了一些问题。树独立地与这两个一起工作，但是当我一起尝试它们时，fillfor节点被分支的参数覆盖color并且它们变成灰色（或者它一起忽略它并默认为相同的NA颜色？）。

这是产生问题所需的最少代码：

该变量是数据框中的一个字符列，如果它不是下面代码中的那样，domains.present它可以完美地工作。但是，在上面的代码中，如果没有写入，我会收到一条错误消息，说.colorfilldomains.presentas.factoraesContinuous value supplied to discrete scale

我希望这只是一个语法问题，但我正在努力将一个 reprex 放在一起，以便在需要时添加。这是一个与这篇文章非常相似的问题，但是那里的 OP 在没有 ggtree 的情况下解决了它（如果可能的话，我宁愿保持简单）。先感谢您！

我对 R很陌生，所以如果这个问题很明显，我很抱歉。我想为系统发育树中的分支添加多个标签，但我只能弄清楚如何为每个分支添加一个标签。我正在使用以下代码：

我可以使用下面的代码将多个符号添加到一个分支中，但它非常费力，我不妨手动完成：

我正在尝试将 Newick 格式的树读入 R。我的树文件如下所示：

当我使用 ape::read.tree() 将其读入 R 时，它似乎正确读取了树的结构，但它不导入任何提示标签：

当我使用 read.newick() 读取时，它不会导入树的结构，虽然它会导入提示标签，但这些提示标签是错误的（很多提示标签是“...icota”或“ ...virales'，但每个小费都是一个家族，因此所有小费名称都应以'...idae'结尾）。

我尝试过使用 Newick 树（用 ' 替换 "；在 { 和 () 之间切换；复制 + 粘贴而不是作为文件读入等）。Newick 的结构是否存在我遗漏的问题树？

谢谢！