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我正在尝试使用 ggtree 进行绘图 - 但是当我尝试将尖端和分支都着色时遇到了一些问题。树独立地与这两个一起工作,但是当我一起尝试它们时,fillfor节点被分支的参数覆盖color并且它们变成灰色(或者它一起忽略它并默认为相同的NA颜色?)。

这是产生问题所需的最少代码:

p <- ggtree(rerooted_tree, aes(color = support))
p <- p %<+% my_DF + 
  geom_tippoint(aes(fill = as.factor(domains.present)))
p

在此处输入图像描述

该变量是数据框中的一个字符列,如果它不是下面代码中的那样,domains.present它可以完美地工作。但是,在上面的代码中,如果没有写入,我会收到一条错误消息,说.colorfilldomains.presentas.factoraesContinuous value supplied to discrete scale

q <- ggtree(rerooted_tree)
q <- q %<+% All.my_DF + 
  geom_tippoint(aes(color = domains.present), size = 1)
q

在此处输入图像描述

我希望这只是一个语法问题,但我正在努力将一个 reprex 放在一起,以便在需要时添加。这是一个与这篇文章非常相似的问题,但是那里的 OP 在没有 ggtree 的情况下解决了它(如果可能的话,我宁愿保持简单)。先感谢您!

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