问题标签 [ggtree]

下面的例子是使用ggtree，我可以在其中刷系统发育中的提示并添加注释标签（“进化枝”）。让应用程序运行的步骤 -

1. 加载树 - 称为 vert.tree
2. 刷过（突出显示）提示（用人类和狐猴测试）并按下“注释树”按钮以添加红色标签。

我想要做的是在树上添加另一个注释，同时保持第一个注释（人类和狐猴）。例如，猪和牛提示的第二个标签。本质上，我希望能够根据用户输入在系统发育树上添加一行，然后根据用户的第二个输入重复该操作，同时保持图像上的第一行。目前，每次我刷不同对时，标签都会重置，因此一次只显示一个注释。

建议非常感谢！

更新为包含基础树 (vert.tree)

我有以下树mytree：

我正在尝试用无证图片和图例来绘制它

我有以下问题：

• 文字角度：特别是在右边，文字对齐很乱，我不知道如何改变它
• 我不确定为什么图例有 NA 类别，因为很明显我的数据集d没有缺失值，所以我不知道如何删除它

我正在使用 R 包 ggtree 研究系统发育树，并希望突出显示节点。

我的树存储在 p 中，我要突出显示的节点在 G10 中。

我像这样突出显示节点：

我想用它alpha=1来获得漂亮、强烈的颜色，但是这种颜色会覆盖/隐藏树中的尖端，所以你看不到它们（见图）。有没有办法绘制这个，所以突出显示在树后面，这样我仍然可以看到提示？

编辑：我还没有找到一个好的解决方案，但我想出了一个暂时的修复方法：

创建两个图：树的透明图p + theme_transparent()和带有突出显示的树，并将p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)透明图覆盖在 powerpoint 中突出显示的图上并保存。

我想用 R 中的 ggtree 创建一个带注释的系统发育树的圆形布局图。一些尖端节点必须通过曲线连接。我可以使用矩形布局中的 geom_taxalink() 函数来实现这一点，但它在圆形布局中不起作用。这似乎是因为 geom_taxalink() 使用了 geom_curve()，它不支持非线性坐标。我收到以下消息：

“警告消息：
geom_curve 未针对非线性坐标实现”

下面：可重现的代码、我得到的输出、我想要的输出和会话信息。

对于获得所需结果的任何帮助，我将不胜感激。

谢谢！

塞缪尔

示例代码：

这是我得到的结果示例的链接：

以下是所需结果示例的链接：

会话信息：

这个问题很琐碎，但我不能很好地处理。

我正在尝试绘制带有侧面热图的圆形树。

我正在使用ggtree，但欢迎任何ggplo2基于方法的方法。我不太了解gheatmap功能的问题。

我想要：
1- 热图之后的名称
2- 热图之后的 2 个文本列（虽然可能具有相同的值，但我需要知道如何添加它）
3- 热图列名处理得很好，我们是否应该删除列名和为每个使用不同的颜色比例？无论解决方案落到哪里，都可能比现在更好

提前致谢

更新：

我找到了一种更好的方法来绘制热图列的名称。
此外，我发现数据的简化对于清理一些提示标签很有用。现在，我只需要在热图之后添加两个文本列。

更新 2：

一个非常糟糕的改进，我刚刚使用 ggplot 创建标签并与之合并patchwork

亲爱的堆栈溢出社区，

我想请你帮忙解决我的问题。我正在使用包 ggtree 来绘制系统发育树，我想在这些图上显示更多信息，因为这在论文中很常见。我对拥有一棵带有彩色分支（具有混合渐变）的树特别感兴趣，该树显示出连续性状的一些变化，而分支末端的某个点则用颜色（或形状）表示离散性状。虽然我可以分别做这两件事，但我完全没有尝试在一个情节中绘制这两件事。你能帮忙吗？

在这里，我为您提供了可重现的示例。让这棵随机树（tree.1）有九个物种和一些随机分支长度，以及关于这些物种的随机数据表（data1）：

如果您查看数据，颜色列是我的离散变量，而 fylo.signal 是随机连续变量。

为了制作这些图表，我遵循了两个示例（这个用于分支的渐变颜色，而我的旧问题用于分支末端点的颜色）。

我可以从颜色渐变分支开始。在绘制数据之前，我有一点黑匣子，但我想我至少了解了它的作用。首先，我只提取连续变量 (b) 并为我的树 (a) 计算“节点”，然后为我的树中的所有“非尖端”节点计算我的连续变量，即不仅仅是结束。然后我将数据合并在一起。

之后，我还插入了离散变量（并且我使内部节点对于这个“颜色”具有“NA”）：

...然后我将这些数据插入系统发育树本身：

现在进行绘图。我可以使分支的渐变颜色代表我的连续变量。以下代码生成此图：

...当我尝试将我的离散变量绘制为分支末端不同颜色的点时，这张图像（请注意，即使颜色是反转的，它实际上也遵循我使用的数据集）：

但是当我尝试将这两者结合起来时，会产生错误：

我猜当制作树时使用函数“aes”时，它不能被情节的子部分覆盖？我不明白。我最好的镜头是以下代码：

...这实际上使这张错误的照片。分支末端的点是彩色的，但与原始数据集中的不同。它们遵循数据集中的顺序，但未分配给正确的“物种”。根据来自“spec1”的数据集逆时针方向对物种进行着色。我不能让 ggtree 实际上遵循“物种”，就像我在上面的第二个情节中使用相同的代码一样。

任何人都可以帮忙，好吗？

我正在尝试使用 ggtree 函数 gheatmap 将热图添加到系统发育树上。尽管创建 gheatmap 对象的行中没有出现明显错误，但在尝试绘制对象时，它会返回“错误：必须从色调调色板中请求至少一种颜色。”。当我使用 gheatmap 的参数的所有默认值（包括颜色选择）、更简单的树和一些与树的尖端相对应的随机值时，仍然会出现此错误。我也尝试过更改一些颜色，但仍然没有解决错误，因为我仍然不确定哪个参数导致了问题。

这是我希望是一个可重现的例子：

我正在使用 R 包 ggtree 在 R 中绘制系统发育树。

我已经成功制作了我感兴趣的系统发育树，但是，我很难为我的人物添加“图例”。

我已经尝试了这篇文章中的建议Add legend into ggtree (ggplot) R但它没有用。我没有找到其他人。

你有什么建议吗？

这是我正在运行的命令：

我想要斜体的A，和正常的CBS。我认为 ggtext 可能有用，但我遇到了错误。这是一个例子：

我也试过

但是我需要的富文本在三个提示标签中，而不是所有五个标签（提示和节点）有谁知道如何添加标签美学（作为提示标签）？

我知道我可以通过像这样对提示标签进行分组来设置提示颜色：

以便根据地点组应用随机的颜色集
但是我如何指定自己的颜色？（例如我想要黑色的 s1 和红色的 s2）