r - 如何在ggtree的系统发育树的同一标签中应用斜体和普通字体

Question

我想要斜体的A，和正常的CBS。我认为 ggtext 可能有用，但我遇到了错误。这是一个例子：

tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("*A*CBS","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()

error: geom_rich_text requires the following missing aesthetics: label

我也试过

ggtree(tree)+ aes(label=labs)+geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()
error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (5): label

但是我需要的富文本在三个提示标签中，而不是所有五个标签（提示和节点）有谁知道如何添加标签美学（作为提示标签）？

Answer 1

您可以将parse = T参数与数学注释结合使用：

library(ggtree)
library(ggtext)
tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("paste(italic('A'),'CBS')","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,parse=T)