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我正在使用 R 包 ggtree 研究系统发育树，并希望突出显示节点。

我的树存储在 p 中，我要突出显示的节点在 G10 中。

p <- ggtree(tree, right=T, layout="circular")
G10 <- findMRCA(tree, c("genome1","genome2","genome3","genome4"), type=c("node"))

我像这样突出显示节点：

p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)

我想用它alpha=1来获得漂亮、强烈的颜色，但是这种颜色会覆盖/隐藏树中的尖端，所以你看不到它们（见图）。有没有办法绘制这个，所以突出显示在树后面，这样我仍然可以看到提示？

这是现在的样子

编辑：我还没有找到一个好的解决方案，但我想出了一个暂时的修复方法：

创建两个图：树的透明图p + theme_transparent()和带有突出显示的树，并将p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)透明图覆盖在 powerpoint 中突出显示的图上并保存。

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您可以调整树层和高光层的顺序。ggtree 继承了 ggplot2 的特性。您可以使用ggtree(tr)或ggplot(tr) + geom_tree()来绘制您的树。所以你可以参考下面的代码。

library(ggtree)
library(ggplot2)

set.seed(1024)

tr <- rtree(20)

p <- ggplot(tr) +
     geom_hilight(node=24,alpha=1,fill="forestgreen") +
     geom_tree(layout="roundrect") +
     geom_tiplab(size=4, hjust=0)
p

在此处输入图像描述

于 2020-10-09T06:31:31.837 回答